使物体消失的功能

Question

这是我遇到的一个非常奇怪的情况。基本上，我试图将累积分布函数拟合到我的数据的 G 函数中。这样做之后，我想绘制模型和原始数据，并将其输出为 PDF。我将允许代码解释（只需复制和粘贴）：

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

上面的代码完美运行。

现在是奇怪的部分。

当我将mydata <- swedishpines 之后的所有命令封装为一个函数，并使mydata 成为该函数的输入时，它不再起作用。下面的代码应该像最后一段代码一样执行，但事实并非如此。

library(spatstat)

data(swedishpines)

mydata <- swedishpines

ModelFit <- function(mydata) {

mydata.Gest <- Gest(mydata)

Gvalues <- mydata.Gest$rs

count <- (which(Gvalues == 1))[1]

new_r <- seq(1/count, length(Gvalues)/count, by = 1/count)

GvsR_dataframe <- data.frame(G <- Gvalues, R <- new_r)

themodel <- suppressWarnings(nls(G ~ pnorm(R, mean, sd), data = GvsR_dataframe, start = list(mean=0.4, sd=0.2), trace = FALSE))

pdf(file = "ModelPlot.pdf")

plot(mydata.Gest, cbind(rs, theo) ~ new_r, lty = c(1, 2), col = c("black", "red"), xlim = c(0, max(new_r)), ylim = c(0,1), main = paste("Model-fitting for G Function \n Mean = ",as.numeric(coef(themodel)[1]),"\n Standard Deviation = ",as.numeric(coef(themodel)[2]), sep=''), ylab = "G(r)", xlab = "Distance Between Particles (r)", legend = NULL)
lines(new_r, predict(themodel), lty = 2, col = "blue")
legend("bottomright", c("CSR", "Swedish Pines", "Normal Probability \n Density Function"), lty = c(2, 4, 1, 2), col = c("red", "black", "blue"), bg = 'grey', border = 'black')

graphics.off()

}

ModelFit(mydata)

出现以下错误：

Error in eval(expr, envir, enclos) : object 'new_r' not found

我很困惑。我已经为此工作了很长时间，只是无法想出解决此问题的方法。 PDF 已输出，但已损坏，无法打开。我不知道为什么new_r'消失'，但这样做会导致所有绘图操作停止。显然，new_r 是函数 ModelFit 的局部变量，但它似乎也是函数中某些区域的局部变量。

任何帮助将不胜感激。

Answer 1

你在那里做了很多隐含的东西......我建议更明确地写东西。

具体来说，mydata.Gest$r <- new_r 然后在绘图公式plot(..., cbind(rs, theo) ~ r, ...) 中将new_r 替换为r。这对我行得通。不知道为什么它在函数外部而不是内部起作用，但是依靠plot 在mydata.Gest 的本地范围之外查找new_r 是有风险的。

另外，使用= 将事物分配给数据框中的列，而不是<-

从干净的会话中：

data.frame(x<-1:10, y<- 1:10)
ls()

对

data.frame(x=1:10, y=1:10)
ls()