回答您的疑虑：
MySQL >= 5.1.17（或者对于 PREPARE 和 EXECUTE 语句 >= 5.1.21）can use prepared statements in the query cache。所以你的 MySQL+PHP 版本可以使用带有查询缓存的准备好的语句。但是，请仔细注意 MySQL 文档中缓存查询结果的注意事项。有很多种查询不能被缓存或者即使被缓存也无用。以我的经验，查询缓存通常并不是一个很大的胜利。查询和模式需要特殊的结构才能最大限度地利用缓存。从长远来看，通常应用程序级缓存最终还是很有必要的。
本机准备对安全性没有任何影响。伪准备语句仍然会转义查询参数值，它只是在 PDO 库中使用字符串而不是在 MySQL 服务器上使用二进制协议完成。换句话说，无论您的EMULATE_PREPARES 设置如何，相同的 PDO 代码同样容易受到（或不易受到）注入攻击。唯一的区别是参数替换发生在哪里——使用EMULATE_PREPARES，它发生在PDO库中；没有EMULATE_PREPARES，它发生在MySQL服务器上。
如果没有EMULATE_PREPARES，您可能会在准备时而不是在执行时遇到语法错误；使用EMULATE_PREPARES，您只会在执行时遇到语法错误，因为 PDO 直到执行时才向 MySQL 提供查询。请注意，这会影响您将编写的代码！特别是如果您使用的是PDO::ERRMODE_EXCEPTION！
额外考虑：
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prepare()（使用本机预准备语句）有固定成本，因此带有本机预准备语句的prepare();execute() 可能比使用模拟预准备语句发出纯文本查询要慢一些。在许多数据库系统上，prepare() 的查询计划也被缓存，并且可能与多个连接共享，但我认为 MySQL 不会这样做。因此，如果您不对多个查询重复使用准备好的语句对象，您的整体执行速度可能会变慢。
作为最终建议，我认为对于旧版本的 MySQL+PHP，您应该模拟准备好的语句，但对于您最近的版本，您应该关闭模拟。
在编写了一些使用 PDO 的应用程序之后，我做了一个 PDO 连接功能，它具有我认为最好的设置。您可能应该使用类似的东西或调整您的首选设置：
/**
* Return PDO handle for a MySQL connection using supplied settings
*
* Tries to do the right thing with different php and mysql versions.
*
* @param array $settings with keys: host, port, unix_socket, dbname, charset, user, pass. Some may be omitted or NULL.
* @return PDO
* @author Francis Avila
*/
function connect_PDO($settings)
{
$emulate_prepares_below_version = '5.1.17';
$dsndefaults = array_fill_keys(array('host', 'port', 'unix_socket', 'dbname', 'charset'), null);
$dsnarr = array_intersect_key($settings, $dsndefaults);
$dsnarr += $dsndefaults;
// connection options I like
$options = array(
PDO::ATTR_ERRMODE => PDO::ERRMODE_EXCEPTION,
PDO::ATTR_DEFAULT_FETCH_MODE => PDO::FETCH_ASSOC
);
// connection charset handling for old php versions
if ($dsnarr['charset'] and version_compare(PHP_VERSION, '5.3.6', '<')) {
$options[PDO::MYSQL_ATTR_INIT_COMMAND] = 'SET NAMES '.$dsnarr['charset'];
}
$dsnpairs = array();
foreach ($dsnarr as $k => $v) {
if ($v===null) continue;
$dsnpairs[] = "{$k}={$v}";
}
$dsn = 'mysql:'.implode(';', $dsnpairs);
$dbh = new PDO($dsn, $settings['user'], $settings['pass'], $options);
// Set prepared statement emulation depending on server version
$serverversion = $dbh->getAttribute(PDO::ATTR_SERVER_VERSION);
$emulate_prepares = (version_compare($serverversion, $emulate_prepares_below_version, '<'));
$dbh->setAttribute(PDO::ATTR_EMULATE_PREPARES, $emulate_prepares);
return $dbh;
}