最短路径计算因 igraph r 崩溃 - 最大节点数？答案

【问题标题】：Shortest Path calculations crashes with igraph r - maximum number of nodes?最短路径计算因 igraph r 崩溃 - 最大节点数？
【发布时间】：2021-09-30 03:14:42
【问题描述】：

igraph::shortest.paths 函数是否有最大节点数？

以下代码在具有 128GB RAM 的 Windows 10 下使 RStudio Version 1.4.1106 中的 Microsoft R Open 4.0.2 崩溃。

问题：

这是因为igraph的功能吗
这和本地 RAM 有关系吗？

什么是替代品？也许使用cppRouting 包？

  library(igraph)
  c1 <- sample(1:48000, 293631, replace=TRUE)
  c2 <- sample(1:48000, 293631, replace=TRUE)

  # column bind the two vectors
  el <- cbind(c1, c2)

  # convert matrix as an edgelist into an undirected graph 
  g <- graph.edgelist(el, directed=FALSE)

  # obtain distance matrix with shortest path between all pairs of nodes
  t <- shortest.paths(g)

【问题讨论】：

我想你可以从这个链接中得到一些提示：stackoverflow.com/q/9984283/12158757

标签： r igraph

【解决方案1】：

目前，igraph 没有针对超过最大数据结构大小的稳健检查。但是，作为指导方针，您可以假设不能用带符号的 32 位整数索引的任何东西都不起作用。您的计算将返回的矩阵就是这种情况：

> log2(48000^2)
[1] 31.10149

当超过这些大小时，在 Windows 上尤其容易出现崩溃等问题，其中 long int 类型（目前被 igraph 内部广泛使用）的大小为 32 位，即使在 64 位系统上也是如此。

正在进行的工作是使 igraph 的 C 内核完全准备好 64 位，并让它检测何时超过最大数据结构大小。不幸的是，目前还不清楚如何或是否可以为 igraph 的 R 接口提供 64 位支持，因为 R 本身仍然不支持 64 位整数。但是，未来的版本应该会在超出大小时显示错误而不是崩溃。

【讨论】：