无法通过 GraphDB API 从 URL 加载一些本体

Question

我可以使用 /rest/data/import/upload/{repositoryID}/url 方法将 MonDO 本体加载到 GraphDB Free 9 中：

{
  "context": "http://purl.obolibrary.org/obo/mondo.owl",
  "data": "https://github.com/monarch-initiative/mondo/releases/download/current/mondo.owl",
  "format": "RDF/XML"
}

我也可以通过 Workbench 加载它，但不能以编程方式加载： http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb

我将format 行设置为“Turtle”，我收到了 202 个响应，但工作台没有显示任何导入。似乎有时我会在工作台的导入页面上看到错误消息，但我不明白要采取什么纠正措施。

例如，如果我故意通过工作台导入 ICD9，格式错误（RDF/XML），那么我看到了

RDF 解析错误：prolog 中不允许有内容。 [第 2 行，第 1 列]

Answer 1

curl 'http://localhost:7200/rest/data/import/upload/w2/url' -H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' -H 'Accept: application/json, text/plain, */*' --data-binary '{"type":"url","name":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","format":"text/turtle","data":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","status":"NONE","message":"","context":"","replaceGraphs":[],"baseURI":null,"forceSerial":false,"timestamp":1534939094325,"parserSettings":{"preserveBNodeIds":false,"failOnUnknownDataTypes":false,"verifyDataTypeValues":false,"normalizeDataTypeValues":false,"failOnUnknownLanguageTags":false,"verifyLanguageTags":true,"normalizeLanguageTags":false,"verifyURISyntax":true,"verifyRelativeURIs":true,"stopOnError":true}}

GraphDB 处理 api 密钥，但您应该提供向上的文件格式或 "format":"text/turtle"。希望这会有所帮助。

Answer 2

感谢 Ontotext 的 Sava，我能够构建这个最小的 curl 命令，成功地从 NCBO BioPortal 加载 ICD9CM Turtle 文件。

curl -d \
'{"type":"url","format":"text/turtle","data":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=8b5b7825-538d-40e0-9e9e-5ab9274a9aeb","context":"http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/"}' \
-H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' \
-X POST http://localhost:7200/rest/data/import/upload/disease_diagnosis_dev/url

• 我遗漏了许多键，包括timestamp 和所有parserSettings。
• 我使用了- d ... -X POST curl 样式而不是--data-binary 样式

我并不声称知道这些决定的所有后果。

这是我在 R 中的方法

library(httr)
post.endpoint <- "http://localhost:7200//rest/data/import/upload/disease_diagnosis_dev/url"
update.body <- '{
  "type":"url",
  "format":"text/turtle",
  "context": "http://purl.bioontology.org/ontology/ICD9CM/",
  "data": "http://data.bioontology.org/ontologies/ICD9CM/submissions/17/download?apikey=9cf735c3-a44a-404f-8b2f-c49d48b2b8b2"
}'

post.result <- POST(post.endpoint,
                    body = update.body,
                    content_type("application/json"))

Answer 3

curl 'http://localhost:7200/rest/data/import/upload/abc/url' -H 'Content-Type: application/json;charset=UTF-8' -H 'Accept: application/json, text/plain, */*' --data-binary '{"type":"url","name":"http://www.w3.org/TR/owl-guide/wine.rdf","format":"","data":"http://www.w3.org/TR/owl-guide/wine.rdf","status":"NONE","message":"","context":"","replaceGraphs":[],"baseURI":null,"forceSerial":false,"timestamp":1534939094325,"parserSettings":{"preserveBNodeIds":false,"failOnUnknownDataTypes":false,"verifyDataTypeValues":false,"normalizeDataTypeValues":false,"failOnUnknownLanguageTags":false,"verifyLanguageTags":true,"normalizeLanguageTags":false,"verifyURISyntax":true,"verifyRelativeURIs":true,"stopOnError":true}}'

在哪里，

• abc - 是存储库 ID
• http://www.w3.org/TR/owl-guide/wine.rdf - 是要导入的 URL
• 1534939094325 - 自纪元以来的当前时间戳（以秒为单位）（在 bash 中，相当于 date +%s）

如果您想执行定期更新，我建议您将每个文件放在自己的图表中（使用"context":"<file's url>"），然后将其替换为"replaceGraphs":"<file's url>"。数据库将创建一个增量并仅更新更改的语句。