查找当前 .R 文件的位置

Question

我已经查看了许多与此类似的问题（请参阅帖子末尾），但我还没有找到任何真正满足我需要的解决方案。我根据项目在 Windows 或 Fedora 上编写代码，并且我为使用 Windows 和多个 Linux 发行版的人编写代码。

我的部分工作是为自动分析数据和创建图表的人们编写 R 脚本。最常见的是，我只是将脚本发送给他们，它会生成图表。这样，如果数据发生变化或扩展，我不需要为它们重新运行脚本（而且，它们可以根据需要进行更改）。

问题是我不知道如何获得一个 R 脚本来找出它自己的位置。能够创建如下工作的代码会非常方便：

1. 用户将脚本保存到包含数据的文件夹中，然后运行脚本。
   • 我通常只是将脚本通过电子邮件发送给与我一起工作的人。
   • 他们将脚本保存到包含他们想要分析/绘制的数据的文件夹中。
   • 理想情况下，他们只需启动 R，加载脚本，然后运行脚本。
2. 脚本确定自己的位置，然后将其设置为工作目录。
3. 脚本分析自己目录中的数据。
4. 脚本生成图表并将其保存到自己的目录中。

这个问题只涉及第 2 步。只要我能完成，其他一切都会顺利进行。有这样的东西会很好：

setwd(FindThisScriptsLocation())

这一行：source(..., chdir = T) 已被建议 here，但它不能用于脚本引用自身，除非它知道自己的路径。

以下是一些相关问题：

• Where is the .R script file ...（处理包裹）

• How to get R to recognize your working directory ...（设置默认工作目录）

• Rscript: Determine path of executing script（一个脚本调用其他脚本；未找到答案）

Answer 1

遇到了同样的问题，这就是我想出的。 它适用于 windows 和 linux 上的 source() 和 rmarkdwon::render()。

更新：函数 get_scriptpath() 现在可以作为我在 CRAN 上的 envDocument 包的一部分使用。见https://cran.r-project.org/package=envDocument

#' Get the path of the calling script
#' 
#' \code{get_scriptpath} returns the full path of the script that called this function (if any)
#' or NULL if path is not available
#' 
#' @examples 
#' mypath <- get_scriptpath()
#' @export
#' 
get_scriptpath <- function() {
  # location of script can depend on how it was invoked:
  # source() and knit() put it in sys.calls()
  path <- NULL

  if(!is.null(sys.calls())) {
    # get name of script - hope this is consisitent!
    path <- as.character(sys.call(1))[2] 
    # make sure we got a file that ends in .R, .Rmd or .Rnw
    if (grepl("..+\\.[R|Rmd|Rnw]", path, perl=TRUE, ignore.case = TRUE) )  {
      return(path)
    } else { 
      message("Obtained value for path does not end with .R, .Rmd or .Rnw: ", path)
    }
  } else{
    # Rscript and R -f put it in commandArgs
    args <- commandArgs(trailingOnly = FALSE)
  }
  return(path)
}

Answer 2

在 “加载脚本” 过程中的某处，您正在传递 R 脚本的名称和路径。 我建议捕获该信息，然后使用包装脚本来执行您的主脚本。

选项 1（以编程方式）

将要执行的脚本的路径和文件名作为参数的包装函数

FILE <- "~/Desktop/myFolder/InHere/myScript.R"

选项 2（交互式）

在包装函数的开头，让用户点击文件：

FILE <- file.choose()

那么：

DIR  <- dirname(FILE)

你有你的目录/文件夹，你可以像往常一样执行你的脚本，传递DIR作为参数

Answer 3

嘿，我有一个可能的解决方案，它需要一些额外的初始工作，但应该能够满足您的需求。

首先让您的 R 脚本接受一个参数，该参数将是脚本的位置。 接下来你只需要创建一个 Bash/Batch（windows 和 unix 各一个）

1) 获取自己的目录

2) 在目录中搜索 R 脚本（简单 *.R 搜索）

3) 从步骤 1 开始，使用自己的目录调用 R 脚本。

然后，您只需将 Bash 和 Batch 脚本与您提供给客户的文件夹一起打包，并要求他们为他们的环境运行相关脚本。

理论上，您应该只需要创建一次 Bash/Batch 脚本。

编辑：我创建了一个简单的 bash 脚本来解决这个问题，见下文

#!/bin/bash

#Modify the search string to narrow the search
SEARCH_STRING="*.R"

#Get the current directory
DIR="$( cd "$( dirname "${BASH_SOURCE[0]}" )" && pwd )"
echo ${DIR}

#Get the name of the R script
R_SCRIPT=`find $DIR -name ${SEARCH_STRING} -type f -exec basename {} \;`
echo ${R_SCRIPT}

Rscript ${R_SCRIPT} ${DIR}

我对 Windows Shell 不太熟悉，所以你必须自己做那个：P

您可以使用此 R 脚本对其进行测试；

options(echo = FALSE) #So we don't get the script echo'd

arguments <- commandArgs(trailingOnly = TRUE) #getting the arguments

working_directory <- arguments[1]

setwd(working_directory)

getwd() #print out to test

Answer 4

我假设这是 Windows。

遵循 Ricardo 的建议：让客户端的系统设置为，如果双击脚本，则在脚本目录中启动 R 解释器。您还可以为此行为分配一个特殊的扩展名（例如，.Rwd 用于“R 脚本设置工作目录”）。然后，您不需要在脚本中setwd()。

对于初学者，以下命令行脚本可能会做（未经测试）：

pushd %~d1%~p1
R --vanilla < "%1"

将.Rwd 文件与此脚本相关联。

如果您需要source() 其他脚本，请考虑使用chdir=T 参数。

Answer 5

如果您使用的是 RStudio，只需将光标悬停在脚本上，路径就会出现