将 rmarkdown 从 RStudio 服务器渲染到外部驱动器答案

【问题标题】：Render rmarkdown from RStudio server to external drive将 rmarkdown 从 RStudio 服务器渲染到外部驱动器
【发布时间】：2017-03-10 08:30:26
【问题描述】：

在本地工作时，我使用以下来渲染 rmarkdown 文档：

rmarkdown::render(input = rmd.temp , output_dir = out.dir, output_file = out.name)

这将获取我的模板文档rmd.temp，然后将文档呈现为out.dir，并将文件命名为out.name。

我正在尝试在 RStudio 服务器上进行复制。当out.dir 是本地目录时，代码可以正常工作。但是，当out.dir 是到外部驱动器的映射目录时，我收到以下错误：

Error in replayPlot(x) : 
  could not open file'/...path..../figure-html/unnamed-chunk-2-1.png'

映射驱动器的链接有效，因为我可以使用：

dir.create(out.dir)

并看到新文件夹出现。任何想法为什么渲染会卡住？

更新

这可能只是权限问题，因为我也不能写 csv 文件：

df <- data.frame(a=1:10)

setwd(out.dir)

write.csv(df, file = "df.csv")

Error in file(file, ifelse(append, "a", "w")) : 
  cannot open the connection

RStudio 服务器正在 Ubuntu 上运行。我将提出一个关于如何授予 RStudio 文件夹权限的新问题。

【问题讨论】：

标签： r r-markdown shiny-server rstudio-server

【解决方案1】：

对于遇到此问题的任何人，可以通过将其添加到脚本的开头来解决它：

Sys.umask(mode="0000")

这是一个权限问题。在 shell / 命令行中，全局权限为“0000”，但在 RStudio 控制台中为“0002”，它为新文件生成 -rw-r-- 权限。可以为 RStudio 更改全局权限，但这可行。

【讨论】：