如何在离线 Debian 机器上安装 R 包？答案

【问题标题】：How can I install a R package on a offline Debian machine?如何在离线 Debian 机器上安装 R 包？
【发布时间】：2016-08-23 19:50:11
【问题描述】：

我有一个未连接到互联网的 Debian 虚拟机。然而，我仍然可以从我的本地机器上 scp 任何有互联网连接的文件。为了提供一点上下文，我试图在 VM 上托管一个闪亮的应用程序。

我仍然可以使用“apt-get”命令安装旧版本的 R 3.1.1：

sudo apt-get update
sudo apt-get install r-base
sudo apt-get install r-base-dev

但是，查看列表时仍然找不到“闪亮”的包：

sudo apt-cache search "^r-.*" | sort

所以，我正在考虑是否可以将“shiny.tar.gz”scp 到 VM 并在本地安装包？如何离线安装任何 R 包？

我尝试过类似的方法：

install.packages('/home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz', repos = NULL, type = "source")

然而，它没有通过，错误信息如下：

Installing package into ‘/usr/local/lib/R/site-library’
(as ‘lib’ is unspecified)
Error in type == "both" : 
comparison (1) is possible only for atomic and list types
Calls: install.packages
Execution halted

然后，我用另一个“R CMD”试了一下：

R CMD INSTALL /home/mli/R/dir_pkg/shiny/shiny_0.13.2.tar.gz

我收到错误消息，告诉我缺少依赖项：

* installing to library ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1’
ERROR: dependencies ‘httpuv’, ‘mime’, ‘jsonlite’, ‘xtable’, ‘digest’, ‘htmltools’, ‘R6’ are not available for package ‘shiny’
* removing ‘/home/mli/R/x86_64-pc-linux-gnu-library/3.1/shiny’

如何从源代码成功安装闪亮的包？我应该先安装所有依赖项和依赖项的依赖项吗？

【问题讨论】：

“R CMD INSTALL”命令不会自动查找和安装依赖，当依赖不满足时会拒绝安装包。可能有一种更简单的方法，但我只是在依赖项出现时检查它们（httpuv 是你被告知的更多），然后 R CMD 一个一个地安装它们。它们很容易找到，只需根据您在浏览器中下载闪亮包的链接导航到 r 项目页面（只需删除最后的闪亮部分），然后搜索您正在寻找的包。找到所需的所有依赖项通常需要 3 分钟左右。

标签： r linux debian shiny-server cran

【解决方案1】：

Shiny 有一些软件包依赖项，“R CMD INSTALL”不会为您找到它们，因此您需要手动获取它们。根据shiny的描述，它的依赖是： “Rcpp”、“httpuv”、“mime”、“jsonlite”、“xtable”、“digest”、“htmltools”、“R6”。所以首先，从 cran 获取软件包（以下是当前版本，但它们会随着时间的推移而变化。注意以下是连接到互联网的计算机，您需要在继续之前将它们 scp 到离线计算机）：

wget https://cran.r-project.org/src/contrib/Rcpp_0.12.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/httpuv_1.3.3.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/mime_0.4.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/jsonlite_0.9.19.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/digest_0.6.9.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/htmltools_0.3.5.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/R6_2.1.2.tar.gz 
wget https://cran.r-project.org/src/contrib/shiny_0.13.2.tar.gz

然后使用 R CMD INSTALL 以相同的顺序浏览它们。例如：

R CMD INSTALL Rcpp_0.12.4.tar.gz

一旦所有依赖项都存在，R CMD INSTALL 应该让您安装闪亮。

【讨论】：

完美运行！谢谢@rosscova！另外，感谢您为我列出所有“wget”！:)

【解决方案2】：

要在 Debian 上离线安装一些软件包，您可以使用 apt-offline ：

apt-offline 可以在不连接网络的情况下完全更新和升级基于 APT 的发行版，所有这些对 APT 都是透明的。

apt-offline 可用于在机器（无网络）上生成签名。此签名包含 APT 数据库系统所需的所有下载信息。此签名文件可用于连接到 Internet 的另一台机器（不必是 Debian 机器，甚至可以运行 Windows）来下载更新。下载的数据将包含 APT 可以理解的格式的所有更新，并且该数据可以被 apt-offline 用于更新未联网的机器。

在离线操作系统（Debian）上安装apt-offline，然后输入以下命令（导入丢失的密钥）：

sudo apt-key exportall | sudo gpg --no-default-keyring --import --keyring /etc/apt/trusted.gpg

那你需要得到your_package_name的签名：

apt-offline set debian-install.sig --install-packages your_package_name

下一步，将debian-install.sig上传到在线系统并下载所需文件。

apt-offline get debian-install.sig --bundle debian-install.zip

将 debian-install.zip 文件上传到离线系统，使用 apt-offline 工具安装它以更新 APT 数据库。

sudo apt-offline install debian-install.zip

安装指定的包your_package_name：

sudo apt-get install your_package_name

你可以使用windows机器下载你的包tuto

【讨论】：

谢谢@GAD3R！我以前从未使用过“apt-offline”，但探索它会很棒。然而，此时手动安装依赖项可能更直接。不过感谢您的回答！
apt-offline 可以安装程序及其所有依赖项
我明白了。那么，我需要 scp “debian-install.sig” 到我的在线系统以生成“debian-install.zip”，然后将此 zip 文件上传回离线系统以完成安装？它适用于任何 R 包？ apt-offline 可以找出所有需要的依赖项并构建到 zip 文件中？

【解决方案3】：

你陷入困境。 R 包机制期望您连接以获取依赖项。也就是说，您可以获得一些帮助：

R> AP <- available.packages(contrib.url(options("repos")$repos[1]))
R> revs <- tools::package_dependencies("shiny", AP, recursive=TRUE)[[1]]
R> revs
 [1] "methods"   "utils"     "httpuv"    "mime"     
 [5] "jsonlite"  "xtable"    "digest"    "htmltools"
 [9] "R6"        "Rcpp"      "tools"     "stats"    
R>

您现在可以再次查看AP 并将其输入download.packages()。

另外，其中几个（全部？）在 较新的 Debian 发行版中，因此您可以在下载模式下使用 apt-get（可能按照其他问题中的建议使用 apt-offline）。

最后，我们确实提供了Docker container for shiny，所以如果你在你的虚拟机上使用它，你就不需要其他任何东西了。

【讨论】：

【解决方案4】：

sudo apt-get 更新

sudo apt-get install r-cran-digest

我无法相信这会如此简单。我花了很长时间搜索，得到的只是不好的答案。这个命令只是解决一切。我在trisquel上用过

【讨论】：