在 Ubuntu 18.04 上使用 Rocker 脚本构建 R Docker 容器答案

【问题标题】：Building R Docker Container with Rocker Scripts on Ubuntu 18.04在 Ubuntu 18.04 上使用 Rocker 脚本构建 R Docker 容器
【发布时间】：2021-08-02 07:47:38
【问题描述】：

我遇到了一个可以通过回滚到仿生来解决的软件包问题。使用新的模块化摇杆系统，以下内容似乎可以基于 18.04 上的 their build 工作。当我用一个 hello world 闪亮的应用程序构建它时，我只是用代码 0 退出了 shiny_server。

FROM ubuntu:18.04

# R Ver Env
ENV UBUNTU_VERSION=bionic
ENV R_VERSION=4.0.5
ENV TERM=xterm
ENV LC_ALL=en_US.UTF-8
ENV LANG=en_US.UTF-8
ENV R_HOME=/usr/local/lib/R
ENV CRAN=https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/bionic/latest
ENV TZ=Etc/UTC
# Shiny Env
ENV S6_VERSION=v1.21.7.0
ENV SHINY_SERVER_VERSION=latest
ENV PANDOC_VERSION=default


COPY --from=rocker/r-ver:4.0.5 /rocker_scripts /rocker_scripts

RUN  /rocker_scripts/install_R.sh \
  /rocker_scripts/install_shiny_server.sh \
  /rocker_scripts/install_tidyverse.sh 

EXPOSE 3838


CMD ["/init"]

【问题讨论】：

闪亮应用的代码或引用在哪里？ init 脚本中有什么内容？
为方便起见，我使用 compose 脚本来显示它。它安装在/srv/shiny-server/test。通过正常部署，我假设 init 会启动闪亮的服务器，闪亮的服务器会为 /srv/shiny-server 文件夹中的任何内容提供服务。
这从一个普通的 Ubuntu 容器开始（而不是一个带有 Ubuntu 的 Rocker 容器），然后只通过一条线在 RSPM 中折腾（这行得通吗？）。为什么不从自定义我准备的rocker/r-rspm:18.04 容器开始呢？
@DirkEddelbuettel 我还没有看到你准备的容器，我试试看。我正在研究 rocker-versioned2 存储库中的说明和示例，我认为这是推荐的当前做法。
在这种情况下，您可能希望从 r-versioned2 容器开始。无论如何，关于哪个堆栈执行我们的 R Journal 论文中的背景，很多讨论都隐藏在 GitHub 中的不同问题票证讨论中，遗憾的是，这些讨论在 repos 上略有分歧，但我们现在尝试在它们出现时转移它们.

标签： r docker shiny shiny-server

【解决方案1】：

我不知道为什么，但是将安装脚本分成不同的层可以使图像正常工作。

FROM ubuntu:18.04

# R Ver Env
ENV UBUNTU_VERSION=bionic
ENV R_VERSION=4.0.5
ENV TERM=xterm
ENV LC_ALL=en_US.UTF-8
ENV LANG=en_US.UTF-8
ENV R_HOME=/usr/local/lib/R
ENV CRAN=https://packagemanager.rstudio.com/all/__linux__/bionic/291
ENV TZ=Etc/UTC

COPY --from=rocker/r-ver:4.0.5 /rocker_scripts /rocker_scripts

RUN  /rocker_scripts/install_R.sh

# Shiny Env
ENV S6_VERSION=v1.21.7.0
ENV SHINY_SERVER_VERSION=latest
ENV PANDOC_VERSION=default

RUN  /rocker_scripts/install_shiny_server.sh 

RUN /rocker_scripts/install_tidyverse.sh 

EXPOSE 3838

CMD ["/init"]

【讨论】：