Seurat DimPlot - 突出显示不同颜色的特定单元格组答案

【问题标题】：Seurat DimPlot - Highlight specific groups of cells in different coloursSeurat DimPlot - 突出显示不同颜色的特定单元格组
【发布时间】：2019-11-29 09:07:02
【问题描述】：

对于这个可能非常基本的问题，我深表歉意，但我无法弄清楚：

我有一个 Seurat 对象，其中包含 20 组不同的单元格（所有单元格都在元数据中定义并设置为 active.ident）。其中 10 个是“已处理”，10 个是“未处理”（此信息也在元数据中）。

R Seurat package

我正在尝试制作一次突出显示 1 个组的 DimPlot，但“处理”和“未处理”的颜色应该不同。

我的工作代码以相同的颜色突出显示“已处理”和“未处理”：

DimPlot(integrated, label = T, group.by = "Treat", 
        cells.highlight = WhichCells(integrated, 
                                     idents = c("group1_untreated", "group1_treated")), 
        cols.highlight = c("darkblue", "darkred"), cols = "grey")

正确的做法是什么？

非常感谢任何建议！

【问题讨论】：

标签： r bioinformatics rna-seq seurat

【解决方案1】：

您可以从 Seurat 对象中提取 UMAP 坐标并使用ggplot 来实现此目的。

library(tidyverse)

umap_tx = integrated@reductions$umap@cell.embeddings %>% 
as.data.frame() %>% cbind(tx = so@meta.data$Treat)

ggplot(umap_tx, aes(x=UMAP_1, y=UMAP_2, color=tx)) + geom_point() + 
scale_color_manual(values=c("group1_untreated" = "darkblue", 
                            "group1_treated" = "darkred"))

【讨论】：