Fisher 精确测试在多列上运行并将结果打印到单独的表中答案

【问题标题】：Fisher exact test run on multiple columns and results printed to a separate tableFisher 精确测试在多列上运行并将结果打印到单独的表中
【发布时间】：2015-07-10 03:45:26
【问题描述】：

我正在使用一个数据框，其中包含每列 SNP 的病例控制状态、参与者 ID 和基因型数据。

caco   ID     x132267464     x132270331   ...
1      10125  0/1            0/0          ...
2      10202  0/2            0/0          ...
...

我希望对病例对照 (caco) 和每个 snp 的基因型数据进行 Fisher 精确测试，一旦运行 Fisher 测试，我想将 P 值保存到单独的表中。

因此，对 caco v x132267464 进行 Fisher 检验，将 p 值和优势比打印到结果表的第 1 行，然后 caco v x132270331 将 p 值和优势比打印到第 2 行，依此类推。

任何帮助将不胜感激

【问题讨论】：

到目前为止你尝试过什么？如果你需要开始，你可以试试stats.stackexchange.com/questions/18558/fishers-exact-test-in-r。

标签： r

【解决方案1】：

实际上设法解决了我的代码看起来像这样的问题

c <- 3 
i <- 1
p <- 1
data <- data.frame()

while (i < 123 ) {    

  TAB <- table(acadfull$caco, acadfull[,c])      
  ANS <- fisher.test(TAB, conf.int=T)


  c <- c+1  
  i <- i+1
  p <- p+1

  if (i==123)
  break

}

write.csv(c(snp,pos,data),"indel_results", row.names=F)

【讨论】：