如何让 rateratio() 返回更多 p 值数字？答案

【问题标题】：How can I get rateratio() to return more p-value digits?如何让 rateratio() 返回更多 p 值数字？
【发布时间】：2019-01-10 14:15:31
【问题描述】：

使用fmsb 计算发病率。

例子：

rr <- rateratio(853, 7703, 284, 3508)
rr
Cases   Person-time
Exposed    853     284
Unexposed 7703    3508
Total       8556    3792

发病率比估计及其显着性概率

data: 853 7703 284 3508
p-value <2.2e-16
95 percent confidence interval:<br/>
1.274426 1.468068
sample estimates:
[1] 1.367824

然后当我尝试返回值以稍后存储在表中时：

p <- rr$p.value
p
[1] 0

如何更改格式以使其返回具有更多位数的 p 值？最好是 3 或 4 或科学计数法。

【问题讨论】：

标签： r p-value

【解决方案1】：

fmsb::rateratio() 对正态分布的尾值进行了不精确的计算，导致值下溢为零。您可以自己解决此问题（本着公益的精神联系维护者 (maintainer("fmsb")) 建议对包进行此改进）。

将函数的源代码保存到文件中：

dump("rateratio",file="my_rateratio.R")

在文本编辑器（或 RStudio 或其他）中编辑文件并更改第 14 行，即

p.v <- 2 * (1 - pnorm(abs(.CHI)))

到

p.v <- 2 * pnorm(abs(.CHI), lower=FALSE)

（这是等效的，但更准确的计算：请参阅 ?pnorm 或 here）。然后读回文件：

source("my_rateratio.R")

（这会在您的全局工作区中创建一个新版本的rateratio()，将fmsb 中的版本屏蔽）。

现在，如果您重新运行代码，您将看到 rr$p.value 是 2.893638e-18。

【讨论】：