如何获得 SGE 工作状态答案

【问题标题】：How to get an SGE job state如何获得 SGE 工作状态
【发布时间】：2016-10-31 18:06:47
【问题描述】：

这可能是一个非常简单的问题，但如果我有作业 ID，我将如何获取通过 SGE 提交的作业的状态？我基本上是想检查一个作业 ID，看看它是否处于错误状态、是否仍在运行或已完成。

我在想这样的事情

qstat -u '*' | grep 123456

但如果作业 ID 较低，它可能会返回我想要的行之外的行。并使用这样的命令...

qstat -j '123456'

...似乎没有返回作业状态。

【问题讨论】：

标签： cluster-computing sungridengine

【解决方案1】：

发出命令：

qstat -xml

结果将采用 XML 格式。您可以解析结果并提取状态：

<job_list state="pending">
  <JB_job_number>3150728</JB_job_number>
  <JAT_prio>0.00000</JAT_prio>
  <JB_name>snpReference</JB_name>
  <JB_owner>me</JB_owner>
  <state>hqw</state>
  <JB_submission_time>2016-11-23T11:54:01</JB_submission_time>
  <queue_name></queue_name>
  <jclass_name></jclass_name>
  <slots>1</slots>
</job_list>

【讨论】：

【解决方案2】：

我已迁移到 Torque/Maui，因此解决方案可能不适合 GridEngine。

对于使用qstat 和grep 尝试基于单词的搜索：

qstat -u '*' | grep -w 123456

或者，使用awk

qstat -u '*' | awk '$1 == 123456 { print }'

对于 Toque/Maui，我可以使用 qstat -f $jobid 获取工作状态：

qstat -f 123456 | grep job_state

也许你可以用-j 选项做类似的事情：

qstat -j $job_id | grep job_state

【讨论】：

-f 选项似乎不起作用。它给出了一个错误，即 jobID 是一个无效的选项。不过，它可以像 qstat -j 一样正常工作。我正在使用 SGE 8.1.8
确实如此。我将其改回以使用 -j 选项。
似乎对于我的 qstat 版本，使用 -j 选项时它不会返回 job_state 值。
你能发布示例输出吗？此外，您可以使用不同的标志更改输出格式。请参阅gridscheduler.sourceforge.net/htmlman/htmlman1/qstat.html 的输出格式部分。

【解决方案3】：

让你的正则表达式更具体：

qstat | grep "^123456\s"

这样你只会得到整个工作编号是你指定的工作。

【讨论】：