“通配符”对象没有属性“输出”答案

【问题标题】：'Wildcards' object has no attribute 'output'“通配符”对象没有属性“输出”
【发布时间】：2020-10-12 13:15:52
【问题描述】：

我得到一个相当简单的规则的错误。我必须为另一个程序编写一个任务文件，需要一个 tsv 文件。我从配置文件中读取了一定数量的参数，并使用 shell 命令将它们写入文件。

代码：

rule create_tasks:
    output:
        temp("tasks_{sample}.tsv")
    params:
        ID="{sample}",
        file=lambda wc: samples["path"][wc.sample] ,
        bigwig=lambda wc: samples["bigwig"][wc.sample] ,
        ambig=lambda wc: samples["ambig"][wc.sample] 
    shell:
        
        'echo -e "{params.ID}\t{params.file}" > {output}'

当我执行工作流时，我收到以下错误：

Building DAG of jobs...
Using shell: /usr/bin/bash
Provided cluster nodes: 1
Job counts:
        count   jobs
        1       create_tasks
        1

[Mon Oct 12 14:48:15 2020]
rule create_tasks:
    output: tasks_sampleA.tsv
    jobid: 0
    wildcards: sample=sampleA

echo -e "sampleA    /Path/To/sampleA.bed               " > tasks_sampleA.tsv
WorkflowError in line 23 of /path/to/workflow.snakefile:
'Wildcards' object has no attribute 'output'
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 111, in run_jobs
  File "/path/to/miniconda/envs/snakemake_submit/lib/python3.8/site-packages/snakemake/executors/__init__.py", line 1233, in run

我应该提一下，其中两个变量是空的，我希望 echo 命令中有制表符/空格。

有人解释一下，为什么snakemake 试图在通配符中查找输出？我特别困惑，因为它正在打印正确的命令。

【问题讨论】：

这很奇怪！你用的是什么蛇形版本？第 (23) 行是否符合相同的规则？你能举一个我们也可以自己运行的小例子吗？
是的，该行对应相同的规则。我不知道出了什么问题，但显然这是一个不相关的错误（它突然又工作了，可能是一些服务器问题）。

标签： shell output wildcard rules snakemake

【解决方案1】：

我也遇到过同样的问题。问题可能在于您如何从命令行调用 Snakemake。例如，这是我的 Snakefile 规则：

rule sort:
    input:
        "{file}.bam",
    output:
        "{file}.sorted.bam",
        "{file}.sorted.bai",
    shell:
        "sambamba sort {input}"

我什至没有明确的params 或wildcards 在那里。但是当我在我的 Slurm HPC 上运行它时，我得到了同样的错误：

snakemake -j 10 -c "sbatch {cluster.params}" -u cluster.yaml

Wildcards（注意大写“W”）和params 对象不在规则中。它们来自规则的集群执行，在尝试解析cluster.yaml文件时抛出错误。

我的cluster.yaml 文件中没有sort 规则的集群参数规范，因此引发了错误。我通过添加解决了这个问题

sort:
    params: "..."

到我的cluster.yaml 文件。在您的情况下，在 create_tasks: ... 列表下添加集群提交选项。您还可以添加__default__: ... 列表作为任何作业的默认提交参数，默认情况下，除非它匹配其他规则。

【讨论】：