如何使用 SLURM 循环遍历脚本？（批量和运行）答案

【问题标题】：How to loop through a script with SLURM? (sbatch and srun)如何使用 SLURM 循环遍历脚本？（批量和运行）
【发布时间】：2019-05-16 17:31:21
【问题描述】：

slurm 新手，我编写了一个脚本，它可以多次运行具有多个输入和输出的相同命令。如果我有另一个 shell 脚本，有没有办法可以在多个 srun 命令中循环遍历它。我认为你会是这样的人：

shell 脚本：

#!/bin/bash
ExCommand -f input1a -b input2a -c input3a -o outputa
ExCommand -f input1b -b input2b -c input3b -o outputb
ExCommand -f input1c -b input2c -c input3c -o outputc
ExCommand -f input1d -b input2d -c input3d -o outputd
ExCommand -f input1e -b input2e -c input3e -o outpute

批处理脚本

#!/bin/bash
## Job Name
#SBATCH --job-name=collectAlignmentMetrics
## Allocation Definition
## Resources
## Nodes
#SBATCH --nodes=1
## Time limir
#SBATCH --time=4:00:00
## Memory per node
#SBATCH --mem=64G
## Specify the working directory for this job

for line in shellscript
do
    srun command
done

有什么想法吗？

【问题讨论】：

标签： bash slurm

【解决方案1】：

尝试用这个替换你的for循环：

while read -r line; 
do 
    if [[ $line == \#* ]]; continue ; fi
    srun $line
done < shellscript

【讨论】：