用于 RHEL 5 的 R-java RPM答案

【问题标题】：R-java RPM for RHEL 5用于 RHEL 5 的 R-java RPM
【发布时间】：2016-02-09 18:42:51
【问题描述】：

我正在寻找的是 R-java rpm 包，但我在这里看不到它 https://dl.fedoraproject.org/pub/epel/5/x86_64/repoview/letter_r.group.html 正如https://cran.r-project.org/bin/linux/redhat/README 中提到的那样

如https://cran.r-project.org/bin/linux/redhat/README 所述需要 R-java rpm 以确保将 R 配置为与 Java 一起使用。

Does that mean absence of that for RHEL5 i will not be able to use R with java on my RHEL5 server ?

【问题讨论】：

标签： java r linux rpm rhel

【解决方案1】：

如果您在任何地方都找不到适用于 RHEL5 的 R-java RPM 包，可能您可以手动为 R 配置 Java。在 CentOS7 上，您可以在下面看到 R-java 不包含文件，并且只为 Java 配置 R：

# rpm -qp --list R-java-3.2.3-1.el7.x86_64.rpm
(contains no files)

# rpm -qp --requires R-java-3.2.3-1.el7.x86_64.rpm 
R-core = 3.2.3-1.el7
java-headless
/bin/sh
rpmlib(FileDigests) <= 4.6.0-1
rpmlib(PayloadFilesHavePrefix) <= 4.0-1
rpmlib(CompressedFileNames) <= 3.0.4-1
rpmlib(PayloadIsXz) <= 5.2-1

# rpm -qp --scripts R-java-3.2.3-1.el7.x86_64.rpm
postinstall scriptlet (using /bin/sh):
R CMD javareconf \
    JAVA_HOME=/usr/lib/jvm/jre \
    JAVA_CPPFLAGS='-I/usr/lib/jvm/java/include\ -I/usr/lib/jvm/java/include/linux' \
    JAVA_LIBS='-L/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server \
    -L/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64\ -L/usr/lib/jvm/java/lib/amd64 \
    -L/usr/java/packages/lib/amd64\ -L/lib\ -L/usr/lib\ -ljvm' \
    JAVA_LD_LIBRARY_PATH=/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64/server:/usr/lib/jvm/jre/lib/amd64:/usr/lib/jvm/java/lib/amd64:/usr/java/packages/lib/amd64:/lib:/usr/lib \
    > /dev/null 2>&1 || exit 0

您可以手动为 R 配置 Java，然后将例如 rJava 安装为标准 R 包，如 https://www.rforge.net/rJava/ 的安装段落中所述。

在 CentOS 7 上，我执行了以下步骤：

作为根：
- 安装 R 基础包，不使用现有的 R-java：
  
  # yum install R-core.x86_64 R-core-devel.x86_64
- 安装 JDK（不仅仅是 JRE）；
作为非特权用户：

$ export JAVA_HOME=/path/to/jdk

$ export PATH=$JAVA_HOME/bin:$PATH

$ 苏

#R CMD javareconf

#R

> install.packages('rJava')

您可以在How to install Jdk in centos 找到有关安装 JDK 的更多信息。请小心下载 RHEL5 上可用的最新 JDK 版本。

【讨论】：

感谢 Christophe，感谢您的帮助。会检查这个。