删除字符串中的侧翼大写字符答案

【问题标题】：Delete flanking uppercase characters in a string删除字符串中的侧翼大写字符
【发布时间】：2014-02-04 20:55:41
【问题描述】：

如何使用 linux 终端删除此字符串（DNA 序列）中开头和结尾的大写字母？

输入：

TCGTAAATGGTgggggtcagaccctaaggtttccataaagGCTGGtccaaacgcaacttctaattgaatgataaaatactcatgcatgttGTTCGAtaaaacgtaatatttatggcgtgtctacctaccgttccatcttatcgtttaaactttggtacaattctcagttaagtgacgattgctttggaggaagtaatactgtgatcacaatctatgctgtttgcgttgccAAAAAAtttcaatgtaaaaaaaaaTCGAAAATGGT

期望的输出：

gggggtcagaccctaaggtttccataaagGCTGGtccaaacgcaacttctaattgaatgataaaatactcatgcatgttGTTCGAtaaaacgtaatatttatggcgtgtctacctaccgttccatcttatcgtttaaactttggtacaattctcagttaagtgacgattgctttggaggaagtaatactgtgatcacaatctatgctgtttgcgttgccAAAAAAtttcaatgtaaaaaaaaa

请注意，字符串中还有其他内部大写字母必须保留。

谢谢！

【问题讨论】：

标签： bash shell unix command-line-interface bioinformatics

【解决方案1】：

使用 sed 你可以做到这一点，假设每个字符串都在一行中：

sed 's/^[A-Z]*\|[A-Z]*$//g' <<< "$s"

【讨论】：

【解决方案2】：

您可以将sed 与正则表达式一起使用：

sed -e 's/^[A-Z]*//' -e 's/[A-Z]*$//'

（也可以将它们组合成一个正则表达式，但为了清楚起见，我这样写；第一个正则表达式去除前导大写字符，第二个去除尾随大写字符。）

[me@localhost ~]$ echo 'TCGTAAATGGTgggggtcagaccctaaggtttccataaagGCTGGtccaaacgcaacttctaattgaatgataaaatactcatgcatgttGTTCGAtaaaacgtaatatttatggcgtgtctacctaccgttccatcttatcgtttaaactttggtacaattctcagttaagtgacgattgctttggaggaagtaatactgtgatcacaatctatgctgtttgcgttgccAAAAAAtttcaatgtaaaaaaaaaTCGAAAATGGT' | sed -e 's/^[A-Z]*//' -e 's/[A-Z]*$//'
gggggtcagaccctaaggtttccataaagGCTGGtccaaacgcaacttctaattgaatgataaaatactcatgcatgttGTTCGAtaaaacgtaatatttatggcgtgtctacctaccgttccatcttatcgtttaaactttggtacaattctcagttaagtgacgattgctttggaggaagtaatactgtgatcacaatctatgctgtttgcgttgccAAAAAAtttcaatgtaaaaaaaaa

【讨论】：

【解决方案3】：

假设

sequence=TCGTAAATGGTgggggtcagaccctaaggtttccataaagGCTGGtccaaacgcaacttctaattgaatgataaaatactcatgcatgttGTTCGAtaaaacgtaatatttatggcgtgtctacctaccgttccatcttatcgtttaaactttggtacaattctcagttaagtgacgattgctttggaggaagtaatactgtgatcacaatctatgctgtttgcgttgccAAAAAAtttcaatgtaaaaaaaaaTCGAAAATGGT

需要扩展模式的纯 bash 将是

shopt -s extglob
tmp1=${sequence##*([TCGA])}  # Save the result of stripping the leading capitals
echo ${tmp1%%*([TCGA])}      # Strip the trailing capitals

【讨论】：