MPI 写入文件大小不等的向量答案

【问题标题】：MPI writing file unequal size vectorsMPI 写入文件大小不等的向量
【发布时间】：2015-05-22 15:21:24
【问题描述】：

我对在 MPI 中写入文件有一点疑问。可以说我有“N”个进程在一个程序上工作。在程序结束时，每个进程将有“m”个粒子（位置+速度）。但是每个过程的粒子数 m 不同。我如何将所有粒子信息（pos + vel）写在一个文件中。我从搜索中了解到，我可以使用 MPI_File_open、MPI_File_set_view、MPI_File_write_all 来做到这一点，但我需要在每个进程中拥有相同的粒子数。有什么想法可以在我的情况下做到这一点吗？

【问题讨论】：

标签： file mpi

【解决方案1】：

您不需要在每个处理器上使用相同数量的粒子。您需要的是每个处理器都参与其中。一个或多个很可能有零粒子，甚至。

Allgather 是一个很好的方法，所有进程之间交换的单个整数并没有那么大的开销。

不过，更好的方法是使用 MPI_SCAN：

incr = numparts;
MPI_Scan(&incr, &new_offset, 1, MPI_LONG_LONG_INT, 
                      MPI_SUM, MPI_COMM_WORLD);
new_offset -= incr; /* or skip this with MPI_EXSCAN, but \
                       then rank 0 has an undefined result */
MPI_File_write_at_all(fh, new_offset, buf, count, datatype, status);

【讨论】：

【解决方案2】：

你需要执行

 MPI_Allgather(np, 1, MPI_INTEGER, procnp, 1, &
               MPI_INTEGER, MPI_COMM_WORLD, ierr)

其中 np 是每个进程的粒子数，procnp 是进程数nprocs 的大小数组。这为您提供了所有其他过程中分子数量的每个过程的数组。这样，MPI_File_set_view 可以通过基于进程 ID 计算偏移量为每个进程正确选择。这个获取偏移量的伪代码类似于，

    procdisp = 0
    !Obtain displacement of each processor using all other procs' np
    for i = 1, irank -1
        procdisp = procdisp + procnp(i)*datasize
    enddo

这是取自 fortran 代码，所以 irank 是从 1 到 nprocs

【讨论】：