从 R 输出中提取特定的文本行

Question

我正在尝试从从 R 函数包获得的结果中提取特定信息。我只熟悉 Python，所以学习 R 语言让我有些困惑。

假设这是 appnn 的输出（打印后），这是一个预测蛋白质聚集的包

Prediction: 
$sequence
[1] "IFYFYGTTY"

$overall
[1] 1.076839

$aminoacids
          [,1]
 [1,] 1.076839
 [2,] 1.076839
 [3,] 1.076839
 [4,] 1.076839
 [5,] 1.076839
 [6,] 1.076839
 [7,] 1.028888
 [8,] 1.011057
 [9,] 1.011057

$hotspots
$hotspots[[1]]
[1] 1 9

现在我只需要读取最后 2 个数字（1 和 9），然后我必须从中提取由这些数字确定的给定字符串的一部分（在这种情况下，它是整个字符串，因为它的长度从点 1 到 9）。

在 python 中它相当简单，但我不知道如何用 R 来做。 非常感谢。

Answer 1

这是一个可重现的示例。我猜你正在使用 appnn 包并创建一个名为 predictions 的对象，如下例所示：

library(appnn)
sequences <- c('STVIIE','KKSSTT','KYSTVI')
predictions <- appnn(sequences)

现在文档对​​返回值有什么说法：

 Value

 A list containing the amyloidogenicity propensity predictions for the
 polypeptides queried.

   overall
     The overall amyloidogenicity propensity prediction value for the sequence

   aminoacids
     The amyloidogenicity propensity prediction value per amino acid 

   hotspots
     A list of the amyloidogenic hotspots predicted in the sequence, limited by the first and last amino acid

所以在这里我查询了三个序列，所以我得到了一个包含三个元素的 R 列表。我可以通过选择结果的元素来获得每个结果，这里是第一个：

> predictions[[1]]
$sequence
[1] "STVIIE"

$overall
[1] 0.9497568

$aminoacids
          [,1]
[1,] 0.9497568
[2,] 0.9497568
[3,] 0.9497568
[4,] 0.9497568
[5,] 0.9497568
[6,] 0.9497568

$hotspots
$hotspots[[1]]
[1] 1 6

这是另一个包含命名组件的列表。热点组件本身就是一个只有一个组件的列表，（也许因为结果可能是一个序列的多个热点）所以我可以这样得到它：

> predictions[[1]]$hotspots[[1]]
[1] 1 6

返回一个长度为 2 的 R 向量（向量和列表在 R 中略有不同），值分别为 1 和 6。