如何在 Python 中使用 networkx 读取 GraphML 文件？答案

【问题标题】：How to read a GraphML file using networkx in Python?如何在 Python 中使用 networkx 读取 GraphML 文件？
【发布时间】：2020-07-14 00:49:16
【问题描述】：

我是 networkx 和 Neo4j 的新手。我已经使用“导入方法”将图形数据库导入到 Neo4j，因为它是一个巨大的图形并且无法加载。现在，我想使用 networkx 进行一些图形分析。因此，据我了解，我应该执行以下步骤：

读取 GraphML 文件时，我遇到此错误：错误的 GraphML 数据：没有键标签。我在记事本中打开了 GraphML 文件，我猜 Neo4j 正在创建错误的 GraphML 文件。我只有一个节点，但它正在考虑节点的两个关键标签。

下面是 GraphML 文件的 sn-p。谁能帮我解决这个问题？

【问题讨论】：

能否包含完整的错误回溯？
@Sparky05 这是错误：NetworkXError: Bad GraphML data: no key labels
我的意思是完整的回溯，所以所有的行都打印为错误。包括行引用（至少那些包含networkx 代码的引用）。或者甚至更好的是，您生成并包含minimal reproducible example。然后，我们可以更轻松、更快捷地帮助您。

【解决方案1】：

networkx 抱怨的是一个节点的数据具有键“标签”，但没有定义 id“标签”的键。因此例外。

为避免这种情况，您有（至少）两种选择。您可以按照我链接的问题中的建议进行操作，将其粘贴到 graphML 文件的顶部：

<key id="labels" for="node" attr.name="labels"/>

另一个选项是在配置中将格式设置为“gephi”（如下所示）。这样做时，引用“标签”的数据标签将引用“类型”键，该键在键标签中定义。

call apoc.export.graphml.all(<your-path>, {format:"gephi"})

此外，使用默认的 Neo4j 导出，networkx 会生成大量警告，您可以通过将 useTypes 设置为 true 来删除这些警告。

call apoc.export.graphml.all(<your-path>, {format:"gephi", useTypes:true})

【讨论】：