如何从文本文件计算移动平均值？

Question

我有一个文本文件。我想做一些如下所示的计算（移动平均）并写出结果。该文本文件包含 15 列和 601 行。

columns <- paste0("X", 1:13)
ref <- read.table("D:\\DAS_asc.txt", sep="",header=TRUE)
library(zoo)
mean <- lapply(columns, function(column) { 
              rollapply(ref[[column]], 5, FUN = mean,na.rm=TRUE, fill=NA) })

当我刚刚输入“mean”查看结果时，我发现计算不正确（我手动进行了检查！）。我认为这可能是 moveave 函数本身，但我检查并运行良好：

s=c(1,5,2,4)
rollapply(s, 2, FUN = mean,na.rm=TRUE, fill=NA)
[1] 3.0 3.5 3.0  NA
rollapply(s, 3, FUN = mean,na.rm=TRUE, fill=NA)
[1]       NA 2.666667 3.666667       NA

我想知道当我们对文本文件执行此操作时出了什么问题？

文件的前两行：

"0" "1" "2" "3" "4" "5" "6" "7" "8" "9" "10" "11" "12" "13" "14"
"2" 0.0493461075417879 0.0262911450465596 0.0426611743228151 0.0954854469641096 0.0933782886825547 0.218212200747129 0.285405481705908 0.226218243796976 0.146648210899044 0.115716572518044 0.0675501818197432 0.069120070466305 0.281314574594234 0.364434947521643 0.0124844383491671

Answer 1

如果您想要列的移动平均值，我看不出您的代码有问题。如果您的意思是跨 13 列的行的移动平均值，请在您的 ref data.frame 上使用 apply...

movAvg <- t( apply( ref[,columns] , 1 , fun = function(x){ rollapply(x , width = 5, FUN = mean, na.rm=TRUE, fill=NA) } ) )

你应该得到一个数组，它的每一列是指定列的每一行 ref 的移动平均值。我使用t() 将其转回行。

差异的虚拟示例

w <- 1:5
x <- 1:5
y <- 1:5
z <- 1:5
df <- data.frame( w ,x , y , z )
df
#     w x y z
#   1 1 1 1 1
#   2 2 2 2 2
#   3 3 3 3 3
#   4 4 4 4 4
#   5 5 5 5 5

cols <- c( "w" , "x" , "y" , "z" )
# Rolling average across columns using list of specified columns
laply( cols , function(x){  rollapply( df[[x]] , FUN = mean , width = 2 , na.rm=TRUE, fill=NA ) })
#          1   2   3   4  5
#   [1,] 1.5 2.5 3.5 4.5 NA
#   [2,] 1.5 2.5 3.5 4.5 NA
#   [3,] 1.5 2.5 3.5 4.5 NA
#   [4,] 1.5 2.5 3.5 4.5 NA 

# Which is the same as...
t( apply( df[ , cols] , 2, function(x){ rollapply( x , width = 2, FUN = mean, na.rm=TRUE, fill=NA) } ) )
#     [,1] [,2] [,3] [,4] [,5]
#   w  1.5  2.5  3.5  4.5   NA
#   x  1.5  2.5  3.5  4.5   NA
#   y  1.5  2.5  3.5  4.5   NA
#   z  1.5  2.5  3.5  4.5   NA

# Rolling average across rows...
t( apply( df[,cols] , 1 , FUN = function(x){ rollapply( x , FUN = mean , width = 2 , na.rm=TRUE, fill=NA  ) } ) )

Answer 2

试试这个：

columns <- paste0("X", 1:13)
ref <- read.table("D:\\DAS_asc.txt", sep="",header=TRUE)
library(zoo)

movingaverages<-lapply( ref[,columns], function(column) { 
    rollapply(column, 5, FUN =  mean,na.rm=TRUE, fill=NA) } )

#OR
movingaverages<-apply( ref[,columns], 2, function(column) { 
    rollapply(column, 5, FUN =  mean,na.rm=TRUE, fill=NA) } )

# substract from old values:
ref[,columns]<-ref[,columns]-movingaverages

# note, movingaverages is not a data.frame
# you can convert it to such like this:

data.frame(movingaverages)

编辑：OP 想从旧值中减去结果。