将 HDF5 文件中的字符串数据转换为浮点格式

Question

我需要将字符串数据从 HDF5 文件转换为浮点格式，以便在具有 l b 坐标的 Skyplot (Astropy) 中使用。数据在这里： https://wwwmpa.mpa-garching.mpg.de/~ensslin/research/data/faraday2020.html （法拉第天空 2020）

到目前为止我编写的代码是：

from astropy import units as u
from astropy.coordinates import SkyCoord
import matplotlib.pyplot as plt
import numpy as np
import h5py

dat = []

ggl=[]

ggb=[]

f1= h5py.File('/home/nikita/faraday_2020/faraday2020.hdf5','r')
data = f1.get('faraday_sky_mean')
faraday_sky_mean = np.array(data)
data1 = f1.get('faraday_sky_std')
faraday_sky_std = np.array(data1)

n1 = 0
for line in f1:
   s = line.split()
   dat.append(s)
   n1 = n1 +1  
 #
for i in range(0,n1):
   ggl.append(float(dat[i][0])) # galactic coordinates input
   ggb.append(float(dat[i][1]))
 
f1.close()

但是我得到了错误：

ggl.append(float(dat[i][0])) # galactic coordinates input

ValueError: could not convert string to float: 'faraday_sky_mean'

请帮忙。谢谢。

Answer 1

你问什么和你需要什么（我认为）是两件不同的事情。 此行不是读取 HDF5 文件的方法：for line in f1: 您需要使用 HDF5 API 来读取它（h5py 是其中之一）。

我认为您想读取数据集 faraday_sky_mean 和 faraday_sky_std 并将数组加载到列表 ggl 和 ggb 中。为此，请使用此代码。它将创建 2 个列表，每个列表有 3145728 个 float64 值。

with h5py.File('faraday2020.hdf5','r') as hdf:
    print(list(hdf.keys()))
    faraday_sky_mean = hdf['faraday_sky_mean'][:]
    faraday_sky_std = hdf['faraday_sky_std'][:]
    
print(faraday_sky_mean.shape, faraday_sky_mean.dtype) 
print(f'Max Mean={max(faraday_sky_mean)}, Min Mean={min(faraday_sky_mean)}') 
print(faraday_sky_std.shape, faraday_sky_std.dtype) 
print(f'Max StdDev={max(faraday_sky_std)}, Min StdDev={min(faraday_sky_std)}') 

ggl = faraday_sky_mean.tolist()
print(len(ggl),type(ggl[0]))
ggb = faraday_sky_std.tolist()
print(len(ggb),type(ggb[0]))

上述过程将数据保存为 NumPy 数组和 Python 列表。如果只需要列表（不需要数组），可以缩短代码如下：

with h5py.File('faraday2020.hdf5','r') as hdf:
    ggl = hdf['faraday_sky_mean'][:].tolist()
    print(len(ggl),type(ggl[0]))
    ggb = hdf['faraday_sky_std'][:].tolist()
    print(len(ggb),type(ggb[0]))