【问题标题】:In R, Error for No Boto3 to connect Athena even though Boto3 Installed在 R 中,即使安装了 Boto3,也没有 Boto3 连接 Athena 的错误
【发布时间】:2020-04-16 17:46:07
【问题描述】:

我正在尝试从 R 连接到 Athena。设置 'RAthena' 并连接后,我收到此错误:

Error: Boto3 is not detected please install boto3 using either: `pip install boto3` in terminal or `install_boto()`.
            Alternatively `reticulate::use_python` or `reticulate::use_condaenv` will have to be used if boto3 is in another environment.

所以通过使用pip install,我在 Python 2 和 Python 3 中都安装了boto3

Requirement already up-to-date: boto3 in ./Library/Python/2.7/lib/python/site-packages (1.12.39)
Requirement already satisfied: boto3 in ./Library/Python/3.7/lib/python/site-packages (1.12.39)

但是在R 中,我仍然遇到同样的错误。然后我尝试在R 中使用install_boto()。 它告诉我做如下:

Installation complete. Please restart R.

然后我将永远留在这个Restarting R session... 输出中,并且永远不会看到任何成功重启的注释。 最后R还是检测不到boto3

【问题讨论】:

    标签: python r boto3 amazon-athena pyathena


    【解决方案1】:

    很遗憾听到您对 RAthena 软件包有疑问。你能告诉我你正在运行什么版本的包吗?

    您是否尝试过通过reticulate 设置您正在使用的python?例如:

    library(DBI)
    
    # specifying python conda environment
    reticulate::use_condaenv("RAthena")
    
    # Or specifying python virtual enviroment
    reticulate::use_virtualenv("RAthena")
    
    con <- dbConnect(RAthena::athena())
    

    你能不能检查一下numpy 是否安装了,我记得如果numpy 是其中之一,reticulate 可以更好地绑定到 python 环境。

    您也可以使用noctuanoctua 的工作方式与 RAthena 完全相同,但不是使用 python 的 boto3,而是使用 R 的 paws 包。

    如果你还在苦苦挣扎,我可以在 Github 上提出这个问题。我以为我已经通过在安装函数install_boto 中添加numpy 解决了这个问题,但是我很高兴重新打开这个问题。

    【讨论】:

    • 非常感谢您的详尽解释。我确实需要使用reticulate 方法才能继续。 python3 -m pip install some_module 也为我工作。
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