【发布时间】:2019-09-27 07:30:10
【问题描述】:
我测量了细菌对病毒的抑制能力。我有 n 行(个人)和 4 列(a、b、c、x)的数据矩阵。根据 x 列,我想将它们定义为好的或坏的抑制剂。但是,我不确定如何设置 x 列的阈值,具体取决于其他测量的列(a、b、c)。是否有任何 R 函数可以分离/分组我的数据框?
【问题讨论】:
我测量了细菌对病毒的抑制能力。我有 n 行(个人)和 4 列(a、b、c、x)的数据矩阵。根据 x 列,我想将它们定义为好的或坏的抑制剂。但是,我不确定如何设置 x 列的阈值,具体取决于其他测量的列(a、b、c)。是否有任何 R 函数可以分离/分组我的数据框?
【问题讨论】:
在 dplyr 逻辑中有group_by(),它的工作原理是这样的:
library(dplyr)
df %>%
group_by(A) %>% # df is now grouped by column A
summarise(Mean = mean(C)) # calculates the mean of C for each group of A, summarise will delete any other columns not summarised and show only distinct rows
df %>%
group_by(A) %>%
mutate(Mean = mean(C)) # This will add the grouped mean to each row without changing the data frame
如果你总结一下,那么你就完成了,但是在 group_by 和 mutate 之后,你必须在某个时候ungroup你的数据框。
【讨论】:
data.table 示例如下。在数据中,我们在 5 个组 (Group) 中有 50 个观察值 (a)。
数据
dt = data.table(
a = runif(1:50),
Group = sample(LETTERS[1:5], 50, replace = T)
)
示例 1
首先,我们可以计算 a 的组均值,如果高于 0.5,则将其标记为“好”,如果低于 0.5,则将其标记为“坏”。请注意,此摘要不包括 a。
dt1 = dt[, .(Mean = mean(a)), keyby = Group][, Label := ifelse(Mean > 0.5, 'Good', 'Bad')]
> dt1
Group Mean Label
1: A 0.2982229 Bad
2: B 0.4102181 Bad
3: C 0.6201973 Good
4: D 0.4841881 Bad
5: E 0.4443718 Bad
示例 2
与 Fnguyen 的回答类似,以下代码不会汇总每组的数据;它只会在每个观察值旁边显示组均值和标签。
dt2 = dt[, Mean := mean(a), by = Group][, Label := ifelse(Mean > 0.5, 'Good', 'Bad')]
> head(dt2)
a Group Mean Label
1: 0.4253110 E 0.4443718 Bad
2: 0.4217955 A 0.2982229 Bad
3: 0.7389260 E 0.4443718 Bad
4: 0.2499628 E 0.4443718 Bad
5: 0.3807705 C 0.6201973 Good
6: 0.2841950 E 0.4443718 Bad
示例 3
最后,我们当然可以应用条件参数来创建新列,而无需事先计算分组变量。下面的示例测试列 a 和 b 的组合条件。
dt3 = data.table(a = runif(100), b = runif(100))
dt3[, abGrThan0.5 := ifelse((a > 0.5 & b > 0.5), TRUE, FALSE)]
> head(dt3)
a b abGrThan0.5
1: 0.5132690 0.02104807 FALSE
2: 0.8466798 0.96845916 TRUE
3: 0.5776331 0.79215074 TRUE
4: 0.9740055 0.59381244 TRUE
5: 0.4311248 0.07473373 FALSE
6: 0.2547600 0.09513784 FALSE
【讨论】: