使用带有 if/then 语句的 shell 变量时出现 awk 语法错误答案

【问题标题】：awk syntax error in utilizing a shell variable with if/then statement使用带有 if/then 语句的 shell 变量时出现 awk 语法错误
【发布时间】：2020-01-21 07:57:04
【问题描述】：

我正在尝试使以下代码正常工作，但在脚本的 awk 部分中不断出现语法错误。

简而言之，我想计算一个截止值并将其作为浮点小数存储在一个数值变量中（例如，截止）。我想将此变量传递给我尝试的 awk 脚本，但仍然遇到语法问题并出现以下错误：

    awk: syntax error at source line 3
       context is
           >>> <<<

以下示例序列可能包含文件Spl-129-run10_xx.fa 的前四行：

>Spl-129_TTCAGTGG_80 CAGACATAGTCATCTATCAATACATaGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAAAAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGAACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCAGAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGA

>Spl-129_TGGGGACC_80 CAGACATAGTCATCTATCAATACATaGATGATTTGTATGTAGGATCTGACTTAGAAATAGGGCAGCATAGAACAAAAATAGAGGAACTGAGACAACATCTGTTGAGGTGGGGATTTACCACACCAGACAAAAAACATCAGAAAGAACCTCCATTCCTTTGGATGGGTTATGAACTCCATCCTGATAAATGGACAGTACAGCCTATAGTGCTGCCAGAAAAGGACAGCTGGACTGTCAATGACATACAGA

现在是代码：

    for file in *fa; do
        name=`echo $file | cut -d'.' -f1`;
        awk 'BEGIN{RS=">"}NR>1{sub("\n","\t"); gsub("\n",""); print RS$0}' $file | tail -n+2 | sed 's/_/\t/g' >tmp;
        m=`cut -f3 tmp | sort -nr | head -n1`;
        cutoff=`echo "(-1.24*10^-21*$m^6)+(3.53*10^-17*$m^5)-(3.90*10^-13*$m^4)+(2.12*10^-9*$m^3)-(6.06*10^-6*$m^2)+(0.018*$m)+3.15" | bc`;
        echo "$name\t$cutoff";

        awk -v c="$cutoff" -v n="$name" '{ 
            if (c < 4) 
           awk '$3 > 2' tmp >n"_CUT.txt"; 

           else awk '$3 > c' tmp >n"_CUT.txt"; 
    }';
    done

预期的输出应该是一个制表符分隔的文件（例如，“Spl-129-run10_CUT.txt”），示例形式为

>Spl-129 TGGGGACC 80 sequence

最后，我想利用上面计算的截止变量来过滤小于截止的序列（使用第三个字段中的值作为比较），条件是如果截止小于 4，那么将使用 2 的截止值。

您能提供的任何帮助将不胜感激。谢谢！

【问题讨论】：

能否在您的问题中添加预期的输出，然后告诉我们。
如果您能对您的要求进行完整的概述，我很确定我们可以在这方面提供更好的帮助。

标签： if-statement variables awk conditional-statements

【解决方案1】：

awk 片段有多个问题。特别是，似乎在awk 脚本中对awk 进行了不必要的调用：

 awk -v c="$cutoff" -v n="$name" '{ 
            if (c < 4) 
           awk '$3 > 2' tmp >n"_CUT.txt"; 

           else awk '$3 > c' tmp >n"_CUT.txt"; 
    }';

如果没有其他详细信息（和示例输入），很难提供可行的解决方案。考虑发布示例输入和输出。特别是，不清楚应该如何从输入中执行截止值的计算。

【讨论】：