用于空间点模式分析的 Kcross - 在 R 中答案

【问题标题】：Kcross for spatial point pattern analysis - in R用于空间点模式分析的 Kcross - 在 R 中
【发布时间】：2018-06-24 03:20:06
【问题描述】：

我正在尝试使用 Kcross 进行空间点模式分析。我希望从我的名为“鸟类”的数据集中比较物种 A 和物种 B。感兴趣的变量是species_name。它只有 2 个级别 - species A 和 species B。

以下是我尝试将species_name 设置为多类型对象的代码。

marks(birds) <- factor("species_name") #where birds is a ppp object
Kcross(birds,i = "species A", j = "species B")

但是，我遇到了错误消息：No points have mark i = species A。

我尝试了所有方法但无济于事，需要在这两个物种之间进行 K 杂交。我是否错误地定义了我的多类型对象或 Kcross 函数？这样做的正确方法是什么？

对于一个可重复的例子，请在下面找到鸟类数据集和代码的链接：https://drive.google.com/file/d/1uaQu9LTLqnIjiIRQZLNlraRcLe6nsqkr/view?usp=sharing

library(tidyverse)
library(spatstat)
library(sp)
library(sf)
library(rgdal)
birds = read_csv("birds_sample1.csv")

#create 200x200 polygon as window
x_coord <- c(0,0,200,200,0)
y_coord <- c(0,200,200,0,0)
xym <- cbind(x_coord, y_coord)
p <- Polygon(xym)
ps <-Polygons(list(p),1)
sps <- SpatialPolygons(list(ps))
raster_owin <- as(sps, "owin") 
raster_owin

#create ppp object for birds 
birds <- st_as_sf(birds, coords = c("X", "Y"))
birds  <- as(birds , 'Spatial')
birds<- as(birds, "ppp") 
birds<- birds[raster_owin]

#attempt for Kcross, which failed
marks(birds) <- factor("species_name") #where birds is a ppp object
Kcross(birds,i = "species A", j = "species B")

【问题讨论】：

marks(birds) 返回什么？我认为您的设置不正确，您不应该在"species_name" 周围加上引号，它应该是一个与点数长度相同的向量。然后你就调用Kcross(birds)，默认设置i为第一级标记，j为第二级
感谢您的帮助。 marks(birds) 没有返回任何输出。当我删除"species_name" 周围的引号并更改为birds$species_name 时，出现以下错误：Error in markstmp, value = integer(0)) : number of points != 标记数。. When I change to species_name, the message becomes, 因子错误(species_name) : object 'species_name' not found`。
检查 ppp 对象 npoints(birds) 中的点数与标记向量 length(birds$species_name) 的长度。它们需要匹配，以便您可以正确设置每个点的标记。如果您仍然有错误，您可以显示str(birds) 或reproducible 示例的输出吗？
我已经尝试了上述但没有输出。当然，我已经编辑了上面的一个可重复的例子，希望能提供更多信息......
谢谢，您能否添加您正在使用的库？

标签： r spatial point spatstat ppp

【解决方案1】：

你不需要加载很多库（仍然使用 tidyverse 中的readr）来使用spatstat 执行此操作。下面是几行代码：

library(spatstat)
W <- owin(c(0,200), c(0,200))
birds <- readr::read_csv("https://drive.google.com/uc?export=download&id=1uaQu9LTLqnIjiIRQZLNlraRcLe6nsqkr")
#> Warning: Missing column names filled in: 'X1' [1]
species <- factor(birds$species_name)
birds <- ppp(x = birds$X, y = birds$Y, marks = species, window = W)
#> Warning: data contain duplicated points
Kbirds <- Kcross(birds, i = "Species A", j = "Species B")
plot(Kbirds)

【讨论】：

【解决方案2】：

由于birds 现在是ppp 对象，属性现在列在marks 下，因此您必须这样称呼它们，

marks(birds) <- factor(birds$marks$species_name)

然后您可以在不设置这些参数的情况下调用KCross，因为默认设置已经将i 设置为第一级标记，将j 设置为第二级

levels(marks(birds))
#[1] "Ordinary Snape"          "Rose-crested Blue Pipit"

Kcross(birds)

【讨论】：