在 spatstat 中将 png 文件转换为窗口（owin）文件

Question

我有一个这样的 png 文件 -

我想将其作为 spatstat 中的观察窗口（'owin' 类型）。我也有这些点的坐标，但是如果我直接使用它们使用Z <- owin(poly=list(x=x-coordinate, y=y-coordinate)) 创建一个窗口，我会像这样疯狂 -

如何将其作为窗口？谢谢

Answer 1

这是一个将坐标数据转换为窗口对象的函数 (owin)。

假设您已将所有多边形顶点坐标收集到一个包含x、y 和id 列的数据框中，其中x 和y 是坐标，id 是一个整数区分您要视为单独闭合曲线的每条曲线。

df2owin <- function(df) {
  ## check that 'df' is a data frame with columns x, y, id
  stopifnot(is.data.frame(df))
  stopifnot(ncol(df) == 3)
  stopifnot(all(c("x", "y", "id") %in% colnames(df)))
  ## separate according to 'id'
  z <- split(df[,c("x","y")], factor(df$id))
  ## force all curves to be traversed anticlockwise
  z <- lapply(z, as.list)
  areas <- sapply(z, spatstat.utils::Area.xypolygon)
  neg <- (areas < 0)
  if(any(neg)) z[neg] <- lapply(z[neg], spatstat.utils::reverse.xypolygon)
  ## convert them to individual windows
  winlist <- lapply(z, function(a) owin(poly=as.list(a)))
  ## now figure out which curves fall inside other curves
  n <- length(winlist)
  isinside <- logical(n)
  for(i in 1:n) {
    for(j in (1:n)[-i]) {
      if(is.subset.owin(winlist[[i]], winlist[[j]])) {
        isinside[i] <- TRUE
        break
      }
    }
  }
  ## assume there are no islands-within-holes etc.
  ishole <- isinside
  ## holes should be traversed clockwise
  if(any(ishole)) z[ishole] <- 
      lapply(z[ishole], spatstat.utils::reverse.xypolygon)
  ## now make the combined window
  result <- owin(poly=z)
  return(result)
}

Answer 2

你的图片显示窗口是由几个岛组成的。你需要告诉软件，否则它会假设坐标都是同一个岛的一部分，并将它们连接在一起。

owin 的帮助说明，在这种情况下，您需要使用 owin(poly=list(list1, list2, list3, ...))，其中 list1 仅包含岛 1 的坐标，list2 包含岛 2 的坐标，依此类推。这里list1 的格式为list(x, y)，但仅包含岛1 的坐标，依此类推。