在翻转的 Java 坐标中绘图

Question

我想在 ImageJ 中从具有大小 imageSizeX、imageSizeY 的点对象 Particles$X、Particles$Y 在翻转 Java 坐标（y0 = 左上角）中的灰度图像中绘制一个 ppp 对象，该 ppp 对象来自 ImageJ 中的粒子分析。 我有一种可行的解决方案（自定义示例）：

library(spatstat)

X <- ppp(Particles$X, Particles$Y, c(0, imageSizeX), c(0, imageSizeY))
plot(x = 0, y = 0, xlim = c(0, imageSizeX), ylim = c(imageSizeY, 0), type = "n", main = "Density", 
    asp = 1, axes = F, xlab = "X", ylab = "Y")
plot(density(X), xlim = c(1, imageSizeX), ylim = c(imageSizeY, 0), add = T)
plot(X, axes = TRUE, xlim = c(1, imageSizeX), ylim = c(imageSizeY, 0), add = T)
axis(1)
axis(2, las = 2)

导致以下情节（省略图例）：

但是我需要使用翻转坐标 (ylim = c(imageSizeY, 0)) 创建一个空绘图命令，然后必须添加 spatstat 图。

如果我尝试绘图：

library(spatstat)
X <- ppp(Particles$X, Particles$Y, c(0, imageSizeX), c(0, imageSizeY))
plot(density(X), xlim = c(1, imageSizeX), ylim = c(imageSizeY, 0))
plot(X, axes = TRUE, xlim = c(1, imageSizeX), ylim = c(imageSizeY, 0), add = T)
axis(1)
axis(2, las = 2)

坐标未翻转 (ylim = c(imageSizeY, 0))：

有没有办法在没有第一个定义绘图命令的情况下翻转 spatstat 中的绘图坐标？

Answer 1

这是plot.ppp 中的一个错误。我已经在spatstat的当前开发版本中修复了它，版本1.46-1.010可从the spatstat repository on GitHub获得

在 CRAN (1.46-1) 上的当前版本的 spatstat 中，windows 的绘图方法 plot.owin 可以根据需要识别 xlim, ylim，而 plot.ppp 不能。所以如果X是一个点模式，你可以这样做

W <- Window(X)
plot(W, xlim=rev(W$xrange), main="The title")
plot(X, add=TRUE, ...)