带有riverplot包的桑基图答案

【问题标题】：Sankey plot with the riverplot package带有riverplot包的桑基图
【发布时间】：2017-05-18 12:52:30
【问题描述】：

魔法。

编辑：解决方案

正如 MartineJ 和 emilliman5 所指出的，节点应该被唯一标记（如下）。

library("riverplot")
nodes<-structure(list(ID = c("2011+", "2011-", "2016+", "2016-"), x = c(20, 
20, 30, 30), y = c(50, 40, 50, 40)), class = "data.frame", row.names = c(NA, 
-4L))
edges<-structure(list(N1 = c("2011+", "2011-", "2011+", "2011-"), N2 = 
c("2016+", "2016-", "2016-", "2016+"), Value = c(461, 7, 0, 46)), class = 
"data.frame", row.names = c(NA, -4L))

river <- makeRiver(nodes,edges)
riverplot(river)

我一直在尝试绘制一个 Sankey 图/河图（使用 riverplot 包）来说明癌症登记如何随着时间的推移而演变，尽管到目前为止，这段代码并没有给我带来什么成功。任何人都可以指导我这个代码的错误吗？

Warning message: In checkedges(x2$edges, names(x2)) : duplicated edge information, removing 1 edges

这是可疑代码：

library(“riverplot”)

edges<-structure(list(N1 = c("+", "-", "+", "-"), N2 = c("+", "-", "-", "+"), Value = c(664L, 50L, 0L, 46L)), .Names = c("N1", "N2", "Value"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))

nodes = data.frame(ID = unique(c(edges$N1, edges$N2)), stringsAsFactors = FALSE)

nodes$x = c(1,2)
rownames(nodes) = nodes$ID

rp <- list(nodes=nodes, edges=edges)

class(rp) <- c(class(rp), "riverplot")

plot(rp)

以及代码中包含的数据：

N1    N2    Value
 +     +     664
 -     -      50
 +     -       0
 -     +      46

永远感激。

【问题讨论】：

您能告诉我们问题、错误和警告是什么吗？
非常感谢您的编辑建议。
警告逐字为：警告消息：In checkedges(x2$edges, names(x2)) ：重复的边缘信息，删除 1 个边缘
如果您提供最小的数据集，对社区来说会容易得多。如果你能提供一个很好的可重现的例子，那就更好了。看here 的解释。
已解决。 R 和 Stackoverflow 都相对较新。感谢耐心。

标签： r sankey-diagram riverplot

【解决方案1】：

看起来您在 N1（和 N2）中多次使用相同的值。尝试使它们都不同（每列），然后再试一次，f.i.：

N1：加1减1加2减2

如果您只想显示 + 和 -: 在 makeRiver 中，有一个选项 **node_labels **

【讨论】：

赞赏。重命名节点——成功！

【解决方案2】：

您的节点需要唯一命名，然后使用nodes$labels 将其改回：

library(riverplot)

edges<-structure(list(N1 = c("+", "-", "+", "-"), N2 = c("+", "-", "-", "+"), Value = c(664L, 50L, 0L, 46L)), .Names = c("N1", "N2", "Value"), class = "data.frame", row.names = c(NA, -4L))
edges$N1 <- paste0(edges$N1, "a")
edges$N2 <- paste0(edges$N2, "b")
nodes = data.frame(ID = unique(c(edges$N1, edges$N2)), stringsAsFactors = FALSE)

nodes$x = c(1,1,2,2)
nodes$labels <- as.character(substr(nodes$ID, 1, 1))
rownames(nodes) = nodes$ID

rp <- list(nodes=nodes, edges=edges)

class(rp) <- c(class(rp), "riverplot")

plot(rp)

【讨论】：