获取 ValueError：“顶点”必须是形状为 Nx2 的 2D 列表或数组

Question

我有一个字典，其中键是节点名称，值是节点位置。字典(dicts) 看起来像这样：

{0: array([ 360, 259, 364, 259, 364, 261, 360, 261]), 
 1: array([ 380, 258, 385, 258, 385, 262, 380, 262]), 
 2: array([ 365, 258, 370, 258, 370, 262, 365, 262]), 
 3: array([ 386, 256, 393, 256,393, 260,386, 260])}

我正在尝试使用 networkx 绘制图表，但出现错误：

ValueError: 'vertices' 必须是形状为 Nx2 的二维列表或数组

我的代码：

  g = torch_geometric.utils.to_networkx(data, to_undirected=True)
  plt.figure(len(data))
  nx.draw(g, pos=dicts, with_labels=True)
  plt.show()

Answer 1

如 cmets 中所述，位置应包含 x,y 位置，而您的数据具有更多值。一种方法是应用适当的降维，但作为捷径，下面的脚本只使用前两个值：

import networkx as nx
import numpy as np

data = {
    0: np.array([360, 259, 364, 259, 364, 261, 360, 261]),
    1: np.array([380, 258, 385, 258, 385, 262, 380, 262]),
    2: np.array([365, 258, 370, 258, 370, 262, 365, 262]),
    3: np.array([386, 256, 393, 256, 393, 260, 386, 260]),
}

data_truncated = {k: v[:2] for k, v in data.items()}

G = nx.Graph()
G.add_nodes_from(range(4))

nx.draw(G, pos=data_truncated, with_labels=True)