具有半透明边缘的意外箭头颜色行为（igraph，R）

Question

使用 R 中的 igraph 包，我遇到了以下意外行为。如果图形的edge.arrow.mode（在我的情况下是无向的，但没有区别）被指定为3（或"<->"，两端的箭头），并且edge.color 被指定为rgb()选项alpha < 1，箭头变为不同颜色。看起来一端有两个箭头，重叠会产生更深的颜色。

这是不可取的，因为它会使图表中的某些箭头比其他箭头更暗（看起来更“重要”）。我试图可视化的实际图形是无向的，（所有灰色，半透明）边缘末端的箭头仅用于说明特定顶点有多少连接（图形非常大（100-500 vertices)，具有重叠的边，因此很难直观地确定边与顶点的连接位置；这也是使用半透明边和顶点的原因。

以下是一些工作示例：

library("igraph")
plot(make_tree(5, mode="undirected"), vertex.size=10, edge.arrow.mode=3, edge.color=rgb(0,0,0,0.2))
plot(make_tree(5, mode="undirected"), vertex.size=10, edge.arrow.mode=3, edge.color=rainbow(5, alpha=0.3))

问题是，有没有办法解决这个问题，所以箭头看起来都一样？

还可以考虑以其他方式直观地显示顶点连接的数量（最好是“方向”）（但请注意，顶点颜色（全色谱）已用于另一种视觉辅助，并且顶点最重要的是边缘着色会使事情变得太彩虹了）。更改顶点形状以指示连接程度也不是一个好的解决方案（编辑 - 感谢 Tad）。将所有箭头设为纯色也可以（但似乎没有办法将箭头颜色与边缘颜色分开更改）。

（奖励：这是 igraph 的错误还是功能？）

Answer 1

您能简单地根据节点度数更改顶点大小吗？

grph <- make_tree(5, mode="undirected")
plot(grph, vertex.size=degree(grph)*5, edge.arrow.mode=0, 
     edge.color='black')

还可以更改边缘的厚度 (edge.width)，这可以让您了解加权网络中的节点强度。不过，这并不适用。

编辑： 改变颜色的 alpha 通道怎么样，使得更透明的节点的度数更小？除此之外，我很茫然。一般而言，在无向图上放置箭头似乎是个坏主意，尤其是当它只是作为可视化节点度数的一种手段时。

colShift <-    function(x, alpha){
                        x <- col2rgb(x) / 255
                        rgb(x[1], x[2], x[3], alpha=alpha)  
                     }

grph <- make_tree(5, mode="undirected") %>%
      set_vertex_attr('color', value='dodgerblue4')

vertAlpha <- 1.1 - 1/degree(grph)
vertColor <- colShift(vertex_attr(grph, 'color'), vertAlpha)

V(grph)$color <- vertColor

plot(grph, vertex.size=degree(grph)*5, edge.arrow.mode=0, 
     edge.color='black')