用Java读取和处理.mat文件（邻接矩阵）答案

【问题标题】：Reading and Processing .mat file (Adjacency Matrix) in Java用Java读取和处理.mat文件（邻接矩阵）
【发布时间】：2016-09-05 23:13:43
【问题描述】：

我已经讨论了很多 StackOverflow 问题和 Google 搜索结果，阅读了很多讨论主题，但我找不到任何适合我的问题的答案。我有一个 .mat 格式的稀疏矩阵，其中包含 36600 个节点（36600x36600 邻接矩阵），用于在 Java 环境中读取和操作（如矩阵向量乘法）。我应用了许多在此处讨论的答案，但我总是收到 NullPointerException 错误，尽管 .mat 文件中有数据。（有人说这些结果是因为数据的大小）我已将以下代码应用于返回的 .mat 文件null 和 NullPointerException。

MatFileReader matfilereader = new MatFileReader("sourceData.mat");
MLArray mlArrayRetrieved = matfilereader.getMLArray("data");
System.out.println(mlArrayRetrieved);
System.out.println(mlArrayRetrieved.contentToString());

我也曾多次尝试在 Jupyter Notebook 的 MATLAB 环境和 Python 环境中将 .mat 文件转换为 .csv 或 .xls，但这些时候我也没有得到任何结果。

该 .mat 文件将成为邻接矩阵，并将成为 Cytoscape 项目中特定算法的源。因此，我必须在 Java 环境中使用它，并且我决定使用 COLT 库进行矩阵操作。建议和建议会对我有很大帮助。谢谢阅读。

【问题讨论】：

你的数据文件有多大？
@jafergas 750KB，稀疏矩阵。

标签： java matlab adjacency-matrix cytoscape

【解决方案1】：

只需使用find 获取非零元素的行、列和值，并将它们保存为文本、csv 或...：

[row, col, v] = find(my_spares_matrix);

【讨论】：

我已经使用过并且可以正常工作，但是我可以看到许多重复的顺序混合。你知道为什么吗？为了提供详细信息，该稀疏矩阵的预览就像 1, 2, 3, 4, ... 作为行和列。但是三个维度的输出就像 2,2,2,2,2,1,1,1 等。
3d 列表示图节点之间的某种关系，但在您的问题域中，我不知道它的真正含义。

【解决方案2】：

下面是使用MFL 的代码 sn-p，它将导致稀疏矩阵中所有值的类似 MATLAB 的打印输出

Mat5.readFromFile("sourceData.mat")
    .getSparse("data")
    .forEach((row, col, real, imag) -> {
        System.out.println(String.format("(%d,%d) \t %1.4f ", row + 1, col + 1, real));
    });

CSV 解决方法适用于上述 750KB 矩阵，但一旦数据集超过 >50MB，它可能会变得难以使用。 MAT 文件以（二进制）Compressed Sparse Column (CSC) 格式存储稀疏数据，与 CSV 文件相比，加载该格式的开销要少得多。

【讨论】：