如何正确绘制networkx图

Question

我得到了这段代码，它允许我绘制如下图所示的图表

import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout


G = nx.DiGraph()
G.add_node(1,level=1)
G.add_node(2,level=2)
G.add_node(3,level=2)
G.add_node(4,level=3)

G.add_edge(1,2)
G.add_edge(1,3)
G.add_edge(2,4)

nx.draw(G, pos=graphviz_layout(G), node_size=1600, cmap=plt.cm.Blues,
        node_color=range(len(G)),
        prog='dot')
plt.show()

问题是，我如何绘制带有节点的图形：

• 使用白色背景色
• 里面有标签
• 有方向箭头
• 可选的箭头显示一定的重量
• 自动或手动安排得很好

类似于下图的东西

正如您在该图像中看到的那样，节点对齐得非常好

Answer 1

由于您拥有 Graphviz，您可以使用它来制作精美的绘图并控制绘图的元素。 “点”布局引擎在定位有向图方面做得很好，就像你的例子中的那样。 例如

import networkx as nx
import pylab as plt
from networkx.drawing.nx_agraph import graphviz_layout, to_agraph
import pygraphviz as pgv

G = nx.DiGraph()
G.add_node("A",rank=0)
G.add_nodes_from(['B','C','D'],style='filled',fillcolor='red')
G.add_nodes_from(['D','F','G'])
G.add_nodes_from(['H'],label='target')
G.add_edge('A','B',arrowsize=2.0)
G.add_edge('A','C',penwidth=2.0)
G.add_edge('A','D')
G.add_edges_from([('B','E'),('B','F')],color='blue')
G.add_edges_from([('C','E'),('C','G')])
G.add_edges_from([('D','F'),('D','G')])
G.add_edges_from([('E','H'),('F','H'),('G','H')])

# set defaults
G.graph['graph']={'rankdir':'TD'}
G.graph['node']={'shape':'circle'}
G.graph['edges']={'arrowsize':'4.0'}

A = to_agraph(G)
print(A)
A.layout('dot')
A.draw('abcd.png')

产生输出

strict digraph {
    graph [rankdir=TD];
    node [label="\N",
        shape=circle
    ];
    A    [rank=0];
    C    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> C   [penwidth=2.0];
    B    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> B   [arrowsize=2.0];
    D    [fillcolor=red,
        style=filled];
    A -> D;
    C -> E;
    C -> G;
    B -> E   [color=blue];
    B -> F   [color=blue];
    D -> G;
    D -> F;
    H    [label=target];
    E -> H;
    G -> H;
    F -> H;
}

由点渲染为

您可以在http://www.graphviz.org/doc/info/attrs.html阅读有关可调绘图参数的信息