使用 ggplot2 在 log10 尺度上的小刻度

Question

我有一个约 1.08 亿行数据的数据框，共 7 列。我使用这个 R 脚本来制作它的箱线图：

ggplot(expanded_results, aes(factor(hour), dynamic_nox)) +
  geom_boxplot(fill="#6699FF", outlier.size = 0.5, lwd=.1) +
  scale_y_log10() +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="line", aes(group=1, colour="red")) +
  ylab(expression(Exposure~to~NO[x])) + 
  xlab(expression(Hour~of~the~day)) +
  ggtitle("Hourly exposure to NOx") +
  theme(axis.text=element_text(size=12, colour="black"),
        axis.title=element_text(size=12, colour="black"),
        plot.title=element_text(size=12, colour="black"),
        legend.position="none")

图表如下所示。这非常好，但是最好在 Y 轴的顶部有一个值。我想它应该是 1000，因为 Y 轴是 log10 比例。不过我不知道该怎么做？

有什么想法吗？

编辑：回应 DrDom： 尝试添加scale_y_log10(breaks=c(0,10,100,1000))。这样做的输出是这样的：

执行以下操作的输出： scale_y_log10(breaks=c(0,10,100,1000), limits=c(0,1000))

是一个错误：

Error in seq.default(dots[[1L]][[1L]], dots[[2L]][[1L]], length = dots[[3L]][[1L]]:
'from' cannot be NA, NaN or infinite

作为对 Jaap 的回应，他提出了以下代码：

library(ggplot2)
library(scales)

ggplot(expanded_results, aes(factor(hour), dynamic_nox)) +
  geom_boxplot(fill="#6699FF", outlier.size = 0.5, lwd=.1) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="line", aes(group=1, colour="red")) +
  scale_y_continuous(breaks=c(0,10,100,1000,3000), trans="log1p") +
  labs(title="Hourly exposure to NOx", x=expression(Hour~of~the~day), y=expression(Exposure~to~NO[x])) +
  theme(axis.text=element_text(size=12, colour="black"), axis.title=element_text(size=12, colour="black"),
        plot.title=element_text(size=12, colour="black"), legend.position="none")

它产生这个图表。我做错了什么吗？我仍然缺少“1000”刻度标签？考虑到大部分数据都在哪里，在 10 和 100 之间打勾也不错？

Answer 1

您可以通过将参数 breaks= 添加到 scale_y_log10() 来修改您的对数比例，但不应有 0 值，因为从这些值中也会计算对数。

df<-data.frame(x=1:10000,y=1:10000)
ggplot(df,aes(x,y))+geom_line()+
      scale_y_log10(breaks=c(1,5,10,85,300,5000))

Answer 2

除了使用scale_y_log10，您还可以将scale_y_continuous 与scales 包中的日志转换一起使用。当您使用log1p 转换时，您还可以在休息时包含0：scale_y_continuous(breaks=c(0,1,3,10,30,100,300,1000,3000), trans="log1p")

您的完整代码将如下所示（注意我还在labs 中组合了标题参数）：

library(ggplot2)
library(scales)

ggplot(expanded_results, aes(factor(hour), dynamic_nox)) +
  geom_boxplot(fill="#6699FF", outlier.size = 0.5, lwd=.1) +
  stat_summary(fun.y=mean, geom="line", aes(group=1, colour="red")) +
  scale_y_continuous(breaks=c(0,1,3,10,30,100,300,1000,3000), trans="log1p") +
  labs(title="Hourly exposure to NOx", x=expression(Hour~of~the~day), y=expression(Exposure~to~NO[x])) +
  theme(axis.text=element_text(size=12, colour="black"), axis.title=element_text(size=12, colour="black"),
        plot.title=element_text(size=12, colour="black"), legend.position="none")