从文本文件中导入 R 中的无向图答案

【问题标题】：import an undirected graph in R from text file从文本文件中导入 R 中的无向图
【发布时间】：2017-01-05 13:01:00
【问题描述】：

The output 我在读取 R 中的无向图时遇到问题，我尝试将其从包含大量边（约 1000 条）的文本文件“graph.txt”导入到 R，但问题是：

R 没有从文本文件中读取整个图形，它忽略了大量边我按照我在 R 教程中找到的步骤以及本网站上的相关先前问题进行了操作，但我无法修改它。

graph.txt 看起来像：

以及我使用的函数：

library("igraph")
dd<-scan("graph.txt")
gg<-read_graph("graph.txt",directed=FALSE)
gg

结果如下：

... 763-- 785 326-- 984 946-- 946 326--1103 326-- 592 698--1636 326--1807
+ ... omitted several edges

请帮助 R 从 txt 文件中导入全部边数

提前致谢

P.S：我正在尝试仅将数据作为图形导入（不是表格或矩阵），以使用以下函数计算图形的直径：

diameter(graph, directed = FALSE, weights = NULL)

【问题讨论】：

你能举一个你输入的txt文件的例子吗？
实际上你确定它没有被正确读取，而不仅仅是它在屏幕上的显示方式？看看这个例子：g = igraph::erdos.renyi.game(100, 0.5) ; g。如果你做E(g)（或length(E(g))）你会看到有多少边。
还要仔细检查它不是打印方法，您可以在运行以下命令后尝试查看边缘：options(max.print = length(E(g))) ; print(E(g), TRUE)
我认为上面 user20650 的猜测是正确的，因为该图实际上加载得很好，但是当您将 g 打印到屏幕上时，您只会看到所有边缘的截断列表。检查length(E(g)) 和（在unix 命令行上）wc -l graph.txt 是否相同；如果是这样，那么一切都加载正常。
@user20650 是的，它有效，长度为 1000...非常感谢帮助

标签： python r graph network-programming igraph

【解决方案1】：

我通常会先导入文件，然后将其转换为图形以确保安全。所以

library(igraph)
f <- read.table(file = "graph.txt")
edges <- c()
for (e in 1:dim(f)[1]){
  edges <- append(edges, c(f[e, 1], f[e, 2]))
}
g <- graph(edges, directed = FALSE)
g
#IGRAPH U--- 926 13 -- 
#+ edges:
#[1] 383--886 777--915 335--793 386--492 421--649  27--362  59--690 763--926 426--540 172--736
#[11] 211--368 429--567 530--782

【讨论】：