R：绘图（ggplot vs autoplot）

Question

我在这里学习 R 教程https://rviews.rstudio.com/2017/09/25/survival-analysis-with-r/

我用于工作的计算机没有互联网访问权限，也没有 USB 端口 - 它只有 R 和一些预装的库。本教程需要“survival”、“ggplot2”、“ranger”、“dplyr”和“ggfortify”。我用于工作的计算机具有所有这些库，除了 ggfortfiy。显然，ggfortify 库中需要一个名为“autoplot”的函数来制作本教程中的一些绘图。

当我尝试运行教程中的代码时：

#load libraries
library(survival)
library(ranger)
library(ggplot2)
library(dplyr)

#load data
data(veteran)
head(veteran)

# Kaplan Meier Survival Curve
km <- with(veteran, Surv(time, status))
km_fit <- survfit(Surv(time, status) ~ 1, data=veteran)

#plot(km_fit, xlab="Days", main = 'Kaplan Meyer Plot') #base graphics is always ready


#here is where the error is 
autoplot(km_fit)

我收到以下错误：Error: Objects of type survfit not supported by autoplot.

有谁知道如何解决这个问题？如果没有 ggfortify 库，是否可以制作类似的图？可以只用ggplot2制作吗？

在我的个人电脑上，一旦我安装了 ggfortify 库，我就可以制作这个绘图了。

（注意：我也没有“survminer”库）

谢谢

Answer 1

是的，这是可能的，因为autoplot 函数在底层使用了ggplot2：

tibble(time = km_fit$time, surv = km_fit$surv, 
       min = km_fit$lower, max = km_fit$upper) %>% 
  ggplot(aes(x = time)) +
  geom_line(aes(y = surv)) +
  geom_ribbon(aes(ymin = min, ymax = max), alpha = 0.3)