R 编程 - 使用 {ape} 改进最小生成树图

【问题标题】：R programming - improving a minimal spanning tree plot using {ape}R 编程 - 使用 {ape} 改进最小生成树图
【发布时间】：2013-09-19 19:25:05
【问题描述】：

我尝试了以下代码来绘制最小生成树：

library(ape)
mstree <-mst(distmat) #distmat is a distance matrix
plot(mstree, x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

如果我命令上面的行，我会根据我指定的距离矩阵得到一个最小生成树图，但是这个图看起来有点无聊，因为一切都是黑色的......如果我想改变树的颜色“分支”变成蓝色（即从黑色），我该怎么做？

谢谢，

【问题讨论】：

标签： r

【解决方案1】：

edge.color 参数控制该颜色。您可以根据进化枝等对其进行编码，以使树的信息更加丰富。

plot(mstree, edge.color="blue", x1 = xycoordinates[,1], x2 = xycoordinates[,2])

the manual 也有各种好技巧。

编辑：正如@sdittmar 指出的那样，这仅适用于phylo 对象而不是mst 情节！要更改最小生成树中线条（和标签）的颜色，您可以在调用plot 命令之前设置par(fg="blue")。如果您更改par(col="red")，它将设置标签的颜色。

最小可重现示例：

require(ape)
require(stats)
M = mst(dist(matrix(runif(200), 10, 5)))
par(fg="blue")
par(col="red")
plot(M)

【讨论】：