从R中的邻接矩阵/边缘列表生成集群答案

【问题标题】：Generating clusters from adjacency matrix / edge list in R从R中的邻接矩阵/边缘列表生成集群
【发布时间】：2012-01-10 18:49:39
【问题描述】：

我正在尝试寻找潜在的集群或节点组（在这种情况下是论坛消息）。

在当前数据中，每个节点（消息）已与其他 n 条消息暂时分组在一起，并为该组命名。因此，我们知道 msg ID 1 与 msg ID 3 和 7 一起被看到。

我目前正在使用该信息来构建一个边缘列表（如果它们已经组合在一起，则存在一个边缘），然后使用 walktrap 社区生成一个树状图。

在给定边缘列表的情况下，还有其他方法可以梳理出组或集群吗？（我正在使用 R，但指向任何东西的指针都会有所帮助）。

感谢您的宝贵时间！

【问题讨论】：

【解决方案1】：

我对 R 了解不多，但是...

This overview paper 详细讨论了图聚类。您可能还对Markov clustering (MCL) 算法感兴趣。

【讨论】：

【解决方案2】：

对于 R 中的网络分析，我建议使用 igraph。你已经在使用它了吗？它允许使用不同的聚类方法构建树状图。然后使用 community.to.membership() 切割树状图。 MCL 算法（还）不能从 igraph 中获得，但它可以很容易地从命令行运行。

【讨论】：

【解决方案3】：

一种常见的包罗万象的方法似乎是为数据构建一个邻接矩阵，然后使用矩阵乘法来构建一种传递闭包，然后例如计算逆矩阵以识别“原因”，或计算 PCA/ICA 以识别组。

【讨论】：