带有 add_edges_from 的图形工具顶点标签答案

【问题标题】：Graph-tool vertex label with add_edges_from带有 add_edges_from 的图形工具顶点标签
【发布时间】：2021-11-20 16:55:36
【问题描述】：

我尽力在网上寻找解决方案，但似乎找不到适合我的graph_tool 网络的解决方案。我有一个熊猫数据框df，它有三列：id_source、id_target、weight。 id_source 和 id_target 包含文本形式的名称。我想将它们用作顶点标签。但是，当从 pandas 数据框中添加边时，我必须设置 hashed=True。然后代码看起来像这样

from graph_tool.all import *

g = Graph()
eweight = g.new_ep('double')
vmap = g.add_edge_list(df.values, eprops=[eweight], hashed=True)

我的目标是用顶点标签绘制这个小网络。当我不知道通过g.add_edge_list() 函数在图中引入每个新节点的顺序时，我被卡住了，无法弄清楚如何添加该顶点属性的解决方案。

我应该先添加顶点吗？然后在图上执行add_edge_list 函数。第二步会识别顶点名称（或标签）吗？

【问题讨论】：

您使用什么库来制作图表？我需要查看Graph.add_edge_list 的文档才能给出明智的答案。
没关系，我找到了。
@SteeleFarnsworth，我正在使用graph_tool 库。将编辑我的问题以使其更清楚。仅在标题中注明。

标签： pandas dataframe graph-tool

【解决方案1】：

来自Graph.add_edge_list 的文档：

将边列表添加到图中，由 edge_list 给出，它可以是 (source, target) 对的迭代器，其中源和目标都是顶点索引，或者形状为 (E,2) 的 numpy.ndarray，其中 E 是边数，每行指定一个（源，目标）对。如果列表引用了图中不存在的顶点，则会创建它们。

您已将df.values 传递给edge_list，它有三列（即形状为(E, 3)），但需要两列（形状为(E, 2)）。

试试这个：

g.add_edge_list(df[['id_source', 'id_target']].to_numpy(), eprops=[eweight], hashed=True)

我怀疑eprops 应该是df['weight']，但我不确定。

【讨论】：

嗨，斯蒂尔。 add_edge_list 函数自动将附加列检测为边缘属性 (eprops)。本质上，使用eprops = [eweight]，我们告诉系统将边缘属性名称eweight 分配给第三列。我这里还需要添加一个顶点属性标签。

【解决方案2】：

答案在vmap。它一直都在那里。当您索引vmap 时，它将获取标签名称。

vmap[0] 将是记录的第一个顶点的标签。
vmap[1] 第二次等等。

【讨论】：