R中未熔化表的问题

Question

免责声明 - 我是一名生物学家，之前没有编码经验。

您好，我正在查看 Covid-19 患者血液参数的长格式数据集，我在尝试解开它时遇到了问题。这是数据集外观的一个小sn-p -

ID_PACIENTE	DE_ANALITO	DE_RESULTADO	CD_UNIDADE	DE_VALOR_REFERENCIA
XYZ	Fosfatase Alcalina	106	U/L	40 - 129
XYZ	Gama-GT	33	U/L	12 a 73
XYZ	ALT (TGP)	51	U/L	Até 41
XYZ	DHL	530	U/L	240 a 480
XYZ	Proteína C-Reativa	1,84	mg/dL	Ver resultado tradicional
XYZ	AST (TGO)	35	U/L	Até 40
XYZ	Fibrinogenio	578	mg/dL	200 a 400
XYZ	Dimeros D, quant	256	ng/mL	Até 500
XYZ	Hemoglobina	13,3	g/dL	13,5 a 17,5

这就是我想要达到的目的-

ID_PACIENTE	Fosfatase Alcalina	Gama-GT	ALT (TGP)	DHL	Proteína C-Reativa	AST (TGO)	Fibrinogenio	Dimeros D, quant	Hemoglobina
DE_VALOR_REFERENCIA	40 - 129 U/L	12 a 73 U/L	Até 41 U/L	240 a 480 U/L	Ver resultado tradicional mg/dL	Até 40 U/L	200 a 400 mg/dL	Até 500 ng/mL	13,5 a 17,5 g/dL
XYZ	106 U/L	33 U/L	51 U/L	530 U/L	1,84 mg/dL	35 U/L	578 mg/dL	256 ng/mL	13,3 g/dL

我尝试使用 dcast() 函数，但由于某种原因，我最终得到的是 1 和 0，而不是原始数据集中的值。

如何使用原始值获取宽格式数据集？

Answer 1

我认为这需要两个步骤：

1. 组合文本字段以将单位添加到数字中。
2. dcast 两次，一次供参考，一次供所有患者使用。

数据表

library(data.table) # dcast
dat[, DE_VALOR_REFERENCIA := paste(DE_VALOR_REFERENCIA, CD_UNIDADE)] %>%
  .[, DE_RESULTADO := paste(DE_RESULTADO, CD_UNIDADE) ] %>%
  .[, CD_UNIDADE := NULL ]
dat[1:3,]
#    ID_PACIENTE          DE_ANALITO DE_RESULTADO DE_VALOR_REFERENCIA
#         <char>              <char>       <char>              <char>
# 1:        XYZ  Fosfatase Alcalina     106  U/L        40 - 129 U/L 
# 2:        XYZ             Gama-GT      33  U/L         12 a 73 U/L 
# 3:        XYZ           ALT (TGP)      51  U/L          Até 41 U/L 

rbindlist(list(
  dat[, .(ID_PACIENTE = "DE_VALOR_REFERENCIA", DE_ANALITO, DE_VALOR_REFERENCIA)] %>%
    dcast(., ID_PACIENTE ~ DE_ANALITO, value.var = "DE_VALOR_REFERENCIA"),
  dat[, .(ID_PACIENTE, DE_ANALITO, DE_RESULTADO)] %>%
    dcast(., ID_PACIENTE ~ DE_ANALITO, value.var = "DE_RESULTADO")
))
#            ID_PACIENTE  ALT (TGP)   AST (TGO)            DHL  Dimeros D, quant     Fibrinogenio  Fosfatase Alcalina      Gama-GT       Hemoglobina               Proteína C-Reativa 
#                 <char>      <char>      <char>         <char>            <char>           <char>              <char>       <char>            <char>                           <char>
# 1: DE_VALOR_REFERENCIA Até 41 U/L  Até 40 U/L  240 a 480 U/L     Até 500 ng/mL  200 a 400 mg/dL        40 - 129 U/L  12 a 73 U/L  13,5 a 17,5 g/dL  Ver resultado tradicional mg/dL 
# 2:                XYZ     51  U/L     35  U/L       530  U/L        256  ng/mL       578  mg/dL            106  U/L      33  U/L        13,3  g/dL                      1,84  mg/dL 

tidyverse

library(dplyr)
# library(tidyr) # pivot_wider

dat2 <- dat %>%
  mutate(across(c(DE_VALOR_REFERENCIA, DE_RESULTADO), ~ paste(., CD_UNIDADE))) %>%
  select(-CD_UNIDADE)

bind_rows(
  tidyr::pivot_wider(transmute(dat2, ID_PACIENTE = "DE_VALOR_REFERENCIA", DE_ANALITO, DE_VALOR_REFERENCIA),
                     ID_PACIENTE, names_from = "DE_ANALITO", values_from = "DE_VALOR_REFERENCIA"),
  tidyr::pivot_wider(select(dat2, ID_PACIENTE, DE_ANALITO, DE_VALOR_REFERENCIA),
                     ID_PACIENTE, names_from = "DE_ANALITO", values_from = "DE_VALOR_REFERENCIA")
)

---

数据

dat <- structure(list(ID_PACIENTE = c("XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ ", "XYZ "), DE_ANALITO = c("Fosfatase Alcalina ", "Gama-GT ", "ALT (TGP) ", "DHL ", "Proteína C-Reativa ", "AST (TGO) ", "Fibrinogenio ", "Dimeros D, quant ", "Hemoglobina "), DE_RESULTADO = c("106 ", "33 ", "51 ", "530 ", "1,84 ", "35 ", "578 ", "256 ", "13,3 "), CD_UNIDADE = c("U/L ", "U/L ", "U/L ", "U/L ", "mg/dL ", "U/L ", "mg/dL ", "ng/mL ", "g/dL "), DE_VALOR_REFERENCIA = c("40 - 129", "12 a 73", "Até 41", "240 a 480", "Ver resultado tradicional", "Até 40", "200 a 400", "Até 500", "13,5 a 17,5")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -9L))
datout <- structure(list(ID_PACIENTE = c("DE_VALOR_REFERENCIA ", "XYZ "), Fosfatase.Alcalina = c("40 - 129 U/L ", "106 U/L "), Gama.GT = c("12 a 73 U/L ", "33 U/L "), ALT..TGP. = c("Até 41 U/L ", "51 U/L "), DHL = c("240 a 480 U/L ", "530 U/L "), `Proteína.C.Reativa` = c("Ver resultado tradicional mg/dL ", "1,84 mg/dL "), AST..TGO. = c("Até 40 U/L ", "35 U/L "), Fibrinogenio = c("200 a 400 mg/dL ", "578 mg/dL "), Dimeros.D..quant = c("Até 500 ng/mL ", "256 ng/mL "), Hemoglobina = c("13,5 a 17,5 g/dL", "13,3 g/dL")), class = "data.frame", row.names = c(NA, -2L))
setDT(dat)
setDT(datout)