使用adegenet R包的树中不同簇的不同颜色答案

【问题标题】：Different color for different cluster in a tree using adegenet R package使用adegenet R包的树中不同簇的不同颜色
【发布时间】：2016-03-27 04:34:42
【问题描述】：

我正在使用 R 包 adegenet 绘制邻接树。

在我的文件中，我有 20,000 列和 500 行。行对应于个人。我的第一列是人口 ID，第二列是个人 ID。列包含值 0,1 和 2。我可以用一种颜色绘制一棵树，但根据人口，我希望每个集群都是不同的颜色。

这就是我所做的，如果“dat”是我的数据文件，那么

D<-dist(as.matrix(dat))
tre<-nj(D)
plot(tre, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, edge.col="Blue")

如果我尝试edge.col=c("red","green","blue") 我会遇到以下错误：

Error in if (use.edge.length) unrooted.xy(Ntip, Nnode, z$edge, z$edge.length,  : 
  argument is not interpretable as logical

不胜感激！

【问题讨论】：

标签： r plot phylogeny

【解决方案1】：

您的示例应该是可重现的，以便更容易帮助和重现您的问题。请参阅此帖子以获取 more details。我正在尝试使用iris，它就像一个魅力。顺便说一句，我认为这里不需要adegenet，plot 实际上是来自包ape 的plot.phylo），所有其他功能要么是内置的，要么来自ape）。

文档 (?plot.phylo) 说：

edge.col 一个模式字符向量，给出用于绘制绘制系统发育分支的颜色。这些被认为与 phy 的组件边缘具有相同的顺序。如果给定的颜色少于边缘的长度，则颜色被回收。

ape 保留顺序或行，您可以使用factor 来索引颜色向量，因此使用iris 的可重现示例可能是：

library(ape)
D <-dist(as.matrix(iris[, 1:4]))
tree <- nj(D)
plot(tree, type = "unr", show.tip.lab = TRUE, cex=0.3, font=1, 
           edge.col=c("red","green","blue")[iris$Species])

这是你想要的吗？

【讨论】：

谢谢@Vincet！这就是我一直在寻找的。我想知道是否有一种方法可以按名称选择性地删除样本？一些样本正在毁掉这棵树。