火山图颜色按变量

【问题标题】：volcano plot color by variable火山图颜色按变量
【发布时间】：2017-05-22 21:32:52
【问题描述】：

我正在使用 ggplot2 绘制一些代谢组学数据的火山图。它运行良好，我将其着色以反映 p 值和折叠变化截止值。但是，我希望根据“变量”列中的值对点进行不同的着色。

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp, colour=posthreshold)) +
  geom_point(alpha=0.5, size=2.5) +
 theme(legend.position = "none") +
xlim(c(-5, 5)) + ylim(c(0, 12)) +
xlab("log2 fold change") + ylab("-log10 p-value")
volcano

foldpg 的“变量”列有四个可能的值 - 我希望每个值都有一个唯一的颜色。

谢谢

【问题讨论】：

color = postthreshold 已经为您的点着色，我认为不可能同时基于“postthreshold”和“variable”为点着色。
如果您基于后阈值着色，您可以为“变量”使用不同的形状。
请提供来自foldpg的一些示例数据。
请提供reproducible example。如果在问题中发布数据太麻烦，请将其发布在 github gist 中。您可以通过在美学中使用colour = interaction(variable, posthreshold) 来获得您正在寻找的图形。

标签： r ggplot2

【解决方案1】：

我用三个变量生成了一个数据框foldpg

x=log2fold
y=logp
variable

foldpg 的“变量”列有四个可能的值A, B, C, D

log2fold<-runif(100, -1, 1)
logp<-runif(100, -5, 5)
variable<-sample( LETTERS[1:4], 100, replace=TRUE)
foldpg<- data.frame(variable, log2fold, logp)

geom_point(aes(colour = variable)) 可以设置四种颜色，而scale_colour_manual 可以将颜色分配给A, B, C, D 的四个值。

volcano = ggplot(foldpg, aes(x=log2fold, y=logp)) +
  geom_point(aes(colour = variable), alpha=0.5, size=2.5) +
  scale_colour_manual(values = c("A"= "yellow", "B"="red",  "C"= 
  "black", "D"="green"))
volcano

但是您需要排除 colour=posthreshold

【讨论】：