tsne 图中的特征可视化

Question

我有一个表1，其中每一行对应于特定患者基因的特征向量。患者 ID 位于第一列（标签），而基因索引位于第二列（geneIndex）。其余列具有不同维度的特征值（总共 128 个）。

我能够对这些数据执行 tsne 缩减为 2D 并根据患者 ID 标记集群。代码如下：

library(Rtsne)

experiment<- read.table("test.txt", header=TRUE, sep= "\t")

metadata <- data.frame(sample_id = rownames(experiment),
                       colour = experiment$label)

data <- as.matrix(experiment[,2:129])

set.seed(1)
tsne <- Rtsne(data)

df <- data.frame(x = tsne$Y[,1],
                 y = tsne$Y[,2],
                 colour = metadata$colour)
library(ggplot2)
ggplot(df, aes(x, y, colour = colour)) +
  geom_point()

但是，我的目标是可视化与geneIndex 相关的特征向量。例如，我想用红色精确定位geneIndex“3”，而绘图上的其余点将具有灰色。

如果有任何建议，我将不胜感激！

谢谢！

Answer 1

查看数据，似乎没有很多 3，所以如果你只是与其他人一起绘制透明灰色并选择红色.. 我认为很难看到：

df$geneIndex = experiment$geneIndex

plotIndex = function(data,selectedGene){
data$Gene = ifelse(data$geneIndex == selectedGene,selectedGene,"others")
ggplot(data, aes(x, y, colour = Gene))+
geom_point(alpha=0.3,size=1)+
scale_color_manual(values=c("#FF0000E6","#BEBEBE1A"))+
theme_bw()
}

plotIndex(df,3)

也许可以尝试通过再次绘制来圈出情节，并结合新的传说：

library(ggnewscale)

plotIndex = function(data,selectedGene){
  
  subdf = subset(data,geneIndex == selectedGene)

  ggplot(data, aes(x, y, colour = colour)) +
  geom_point(alpha=0.3,size=2,shape=20)+
  new_scale_color()+
  geom_point(data=subdf,
  aes(col=factor(geneIndex)),
  shape=1,stroke=0.8,size=2.1)+
  scale_color_manual("geneIndex",values="red")+
  theme_bw()
  
  
}

plotIndex(df,3)

如果您不需要图例，您可以忘记 ggnewscale 库。这个package 可能也能做到以上几点.. 你需要检查一下。