使用 Snakemake CLI 将可变长度数组声明为配置值答案

【问题标题】：Declare variable-length array as a config value with Snakemake CLI使用 Snakemake CLI 将可变长度数组声明为配置值
【发布时间】：2018-11-27 18:15:35
【问题描述】：

我有一个 Snakemake 工作流程，其中一个顶级配置条目是一个可变大小的数组（在这个特定示例中，分析中可能包括也可能不包括兄弟姐妹）。目前我正在使用以下配置文件。

{
    "case": "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.proband.bam",
    "controls": [
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.mother.bam",
        "/scratch/standage/12175/BAMs/12175.father.bam"
    ]
}

我知道snakemake 允许在命令行上使用--config 标志指定配置选项。由于case 值是单个字符串，因此在命令行上执行此操作很简单。但是controls 值呢？是否可以将数组/值列表作为命令行上的配置选项之一传递？

【问题讨论】：

标签： configuration command-line-interface snakemake

【解决方案1】：

是否可以将数组/值列表作为命令行上的配置选项之一传递

我怀疑这是直接可能的，但你可以传递一个带引号的空格字符串（或逗号或其他）分隔值，你拆分到 Snakefile 中的列表：

snakemake -C controls='control1 control2 ...'

然后在 Snakefile 里面：

controls= config['controls'].split(' ')

【讨论】：

【解决方案2】：

另一种解决方案是像这样在命令行上传递变量...

snakemake --config case=proband.bam control1=mother.bam control2=father.bam

...然后在 Snakefile 中动态解析配置设置。例如，任何匹配正则表达式control\d+ 的配置键都对应于一个对照样本。

所以这是可能的，但有点牵强，配置文件可能是更好/更清洁的选择。

【讨论】：