qsub 后别名不起作用

【问题标题】：alias does not work after qsubqsub 后别名不起作用
【发布时间】：2014-01-05 12:37:48
【问题描述】：

我在我的主文件夹下安装了 R，我想使用新的 R 在我向集群提交作业时被调用。集群节点都安装了 CentOS。

这是我在 .bash_profile 和 .bashrc 中所做的配置：

if [ `lsb_release -i|cut -c17-20` == 'Cent' ] ; then
    alias R='/home/XXX/R-3.0.2/bin/R'
    alias Rscript='/home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript'
fi

我在 .bash_profile 中添加了以下内容：

if [ -f ~/.bashrc ]; then
    source ~/.bashrc
fi

我还将它添加到提交的脚本中。

source $HOME/.bash_profile

我用 qsub -I 试过了，效果很好。

但是，在我提交作业后，which R 仍然显示原来的路径！

如何正确设置环境？

【问题讨论】：

标签： r bash qsub

【解决方案1】：

别名不会影响which 命令，例如：

$ which R
/usr/bin/R
$ alias R=/bin/date
$ R
Sun Jan  5 13:40:54 CET 2014      # as you see the alias works
$ which R                         # `which R` still returns the original path
/usr/bin/R

我认为您不想使用别名，而是想将 /home/XXX/R-3.0.2/bin 添加到 PATH：

PATH="/home/XXX/R-3.0.2/bin:$PATH"

在此之后，如果R和Rscript存在于/home/XXX/R-3.0.2/bin中，那么：

which R 应该返回 /home/XXX/R-3.0.2/bin/R
which Rscript 应该返回 /home/XXX/R-3.0.2/bin/Rscript

因为它们将首先在 /home/XXX/R-3.0.2/bin 中找到，然后在 $PATH 的其余部分中的任何其他目录中找到。

【讨论】：

谢谢@janos。我制作了一个 .env 文件并在其中添加了 PATH="/home/XXX/R-3.0.2/bin:$PATH" ，然后在 if 命令中检测到 CentO 时获取该文件。