使用 qsub 提交可执行文件 + 输入文件以创建多个作业

Question

我有一个可执行文件，它接受一个输入文件并一直像这样运行它，使用 qsub 作为作业提交给 pbs：

qsub -q long path/to/runpp path/to/input.fa

我有一个脚本 (runpp_multi.sh) 让它在一个目录中的多个文件上运行：

for i in path/to/input/*.fa ; do path/to/runpp $i ; done

这些都可以正常工作，但如果我使用 qsub 提交在多个文件上运行的脚本，显然会出现问题：

qsub -q long runpp_multi.sh

这会将在所有文件上运行的可执行文件作为一项作业提交。我希望每个文件都作为单独的作业提交，如下所示：

for i in path/to/input/*.fa ; do qsub -q long path/to/runpp $i ; done

我已经看到 -v 可能是我正在寻找的，但我对语法很困惑，尤其是我的情况。

我能否就如何修改我的脚本以使目录中的每个文件与可执行文件作为单独的作业一起运行获得一些建议？我有太多文件无法手动完成。

提前致谢。

Answer 1

你可以用shar（参见GNU sharutils）创建一个self-extracting archive，然后提交给qsub。