如何将 qsub 输出流定向到 pwd 而不是 home答案

【问题标题】：How to direct qsub output stream to pwd instead of home如何将 qsub 输出流定向到 pwd 而不是 home
【发布时间】：2015-12-01 15:28:52
【问题描述】：

输入 qsub 命令后，输出流在运行时会在我的主目录中更新。这给我带来了两个问题：

1) 我的 /home/brian 文件夹很慢，甚至写了几个文本字符。具有大量输出文本的实用程序速度慢得令人沮丧。但是，我的作业文件位于 /tmp/brian 中，这个位置非常快，并且位于计算节点的本地。

2) 如果我在 /tmp/brian 中运行 myscript.sh，我希望输出流在运行时在同一个文件夹中更新，这样我就可以检查结果，而无需在不同的文件夹中搜索工作。

我已经尝试过这个以及 qsub 命令的几种排列方式：

cd /tmp/brian
set HOME=`pwd`
qsub -j oe -k oe -d `pwd` -w `pwd` -v "HOME=`pwd`,PBS_O_HOME=`pwd`" "./my_script.sh"

我可以设置 -e 和 -o 选项以在运行后将流放在 /tmp/brian 中，但在运行期间我无法让它在 /tmp 中更新，只能在我的主文件夹中更新。

如果我在 my_script.sh 中键入“env”命令，我会得到这些：

HOME=/home/brian
PWD=/tmp/brian
PBS_O_HOME=/tmp/brian
PBS_O_INITDIR=/tmp/brian
PBS_O_WORKDIR=/tmp/brian

$HOME 环境变量设置不正确，尽管它是显式传递的。也许某处有一个配置文件覆盖了我的设置？

【问题讨论】：

如何将脚本的输出直接重定向到带有“>”的文件中？喜欢在myscript.sh 中有类似于./a.out > $PBS_O_WORKDIR/output.$PBS_JOBID 的行吗？
我们有几个用户使用了许多现有的脚本，如果不得不更新每个内部命令来复制在其他地方创建的文件，那将是一种耻辱。它仍然会很慢，因为 qsub 仍在花时间写入 /home/brian 文件夹。
可能为时已晚，但是...脚本如何确定输出目录？他们是做echo xyz >$HOME/file.txt 之类的事情，还是做>/home/brian/file.txt 之类的事情？在后一种情况下，改变行为的机会很小。如果将输出写入您家中的文件夹，您可以尝试从 /home/brian/folder -> /tmp/brian/folder 创建符号链接。
你试过#PBS -e="experiment_output_job.%j.%N.out" -e 和 -o 选项对你有用吗？
相关：community.openpbs.org/t/…How to include the job id and other info in the output file for qsub?

【解决方案1】：

使用 -D 定义要用于作业的根目录

【讨论】：