有没有办法同时使用 qsub 和 source ？答案

【问题标题】：Is there a way to use qsub and source together?有没有办法同时使用 qsub 和 source ？
【发布时间】：2013-01-25 11:58:30
【问题描述】：

我写了一个shell脚本来分别处理一堆文件，像这样

#!/bin/bash

#set parameters (I have many)
...

#find the files and do iteratively
for File in $FileList; do
    source MyProcessing.sh
done

MyProcessing.sh是调用脚本，调用脚本中使用了主脚本中的变量和函数。

现在我想将我的 shell 脚本移动到集群中，并在迭代中使用 qsub。我试过了

#find the files and do iteratively
for File in $FileList; do
    echo "source MyProcessing.sh" | qsub
done

但它不能以这种方式工作。任何人都可以帮忙吗？提前谢谢你。

【问题讨论】：

【解决方案1】：

变量和函数是脚本的本地变量。这意味着source MyProcessing.sh 可以工作，但bash MyProcessing.sh 不会。第二种语法创建一个子外壳，这意味着一个新的 Unix 进程和 Unix 进程是隔离的。

qsub 也是如此，因为您通过管道调用它：BASH 将创建一个新进程 qsub 并将标准输入设置为 source MyProcessing.sh。只会将这 23 个字节传递给 qsub，而不是其他任何东西。

如果你想让它工作，那么你必须编写一个 100% 独立于主脚本的新脚本（即它不能使用任何变量或函数）。然后您必须阅读qsub 的文档以了解如何设置它。通常，只有在集群的每个节点上分发了MyProcessing.sh 的副本后，此类工具才会起作用。

此外，该工具可能不会尝试找出脚本需要的其他数据，因此您还必须将文件复制到集群节点（可能通过将它们放在共享文件系统上）。

【讨论】：

【解决方案2】：

用途：

(set; echo "source MyProcessing.sh") | qsub

您需要在qsub shell 中设置当前变量。

【讨论】：