如何将参数传递给作业并以并行方式保持不变

Question

我正在尝试在不同的目录中执行一系列作业。我想将目录作为输入参数传递给作业。到目前为止，我了解到我可以使用环境变量作为向作业发送参数的一种方式。但问题是由于作业以并行方式运行，因此该变量的最后一个值将用于所有作业。让我们看看我的代码：

for i in "${arr[@]}"
  do
  export dir=$i 
  qsub myBashFile.sh
done

在我的工作中，我使用变量 dir 进行一些操作。我希望每个作业都使用自己的输入参数执行。 编辑：这是我的工作

#!/bin/sh
#
#
#PBS -N Brownie
#PBS -o test.output.txt
#PBS -e test.error.txt
#PBS -l walltime=2:00:00
#PBS -m n
#PBS -V dir
cd $dir
./run_mycode.sh

我知道这是不正确的，但我正在寻找另一种方法来保持 dir 的值不变并且独立地为所有作业提供唯一性。

我还尝试使用 sed 命令修改作业文件中的变量，如下所示：

 sed "s/dir/"'$i'"/g" my_job.sh > alljobs/my_jobNew.sh

但是，dir 并没有放入 $i 的实际值，而是完全更改为 $i，这在 my_job.sh 中没有意义。

Answer 1

您是否尝试按照manpage qsub(1) 中的说明将目录作为command_args 传递？那将是：

for i in "${arr[@]}"
  do
  qsub myBashFile.sh -- "$i"
done

您应该能够在myBashFile.sh 中以$1 的身份访问它。

Answer 2

我会为此使用 $PBS_O_WORKDIR。将您的提交脚本更改为：

for i in "${arr[@]}"
  do
  cd /path/to/$i 
  qsub /path/to/myBashFile.sh
done

在您的工作中，您需要将“cd $dir”更改为“cd $PBS_O_WORKDIR”。