【发布时间】：2013-12-16 17:41:54
【问题描述】：
有关问题的简化版本，请先阅读下面的 Update1。
我制作了一个 tcsh 文件，以将其运行的文件夹中所有文件/文件夹的列表保存到一个文件中（我正在处理一个神经影像学项目，并且我的文件夹 RawData 包含许多主题每个都有一个文件夹；我已经编写了这个文件 genSubjList.tcsh 来将主题列表保存到文件 subjList.txt)。文件里面的代码是：
foreach subj (*)
echo $subj >> subjList.txt
end
当我切换到终端中的 RawData 目录并在终端中编写这段代码时，它会毫无问题地生成主题列表，但是当我使用 source 命令调用 genSubjList.tcsh 时：
source ../scripts/genSubjList.tcsh
它只是将 RawData 中第一个文件夹（主题）的名称写入 subjList.txt；我已经使用 chmode +x 使 genSubjList.tcsh 可执行（“scripts”文件夹在 RawData 的父文件夹中，包含 genSubjList.tcsh）
我在终端内运行代码时的输出是文件 subjList.txt 包含：
主题1 主题2 主题3 . . . 主题n
当我使用 source ../scripts/genSubjLits.tcsh 运行代码时的输出是文件 subjList.txt 包含：
主题1
如果能帮助我找出错误所在，我将不胜感激。谢谢！
关于我为什么要找出问题所在的补充说明：
问题不仅仅在于生成主题列表；我想了解为什么这个 tcsh 脚本不起作用，因为主要问题是我正在使用 FreeSurfer (surfer.nmr.mgh.harvard.edu) 来分析一些主题；我想并行分析它们，所以我开发了一些脚本将主题分为 5 个组（存储在 5 个名为 subjList1.txt .. subjList5.txt 的文件中，每个文件都有多个主题）。然后，我想在 5 个终端中并行运行以下代码：
foreach subj (`cat subjList1.txt`)
echo $subj
recon-all -i $RAW_DATA/$subj/T1/*0001.dcm -subject $subj -all
end
其中 subjList1.txt 被 subjList2、3 等替换为并行终端； recon-all 行对每个主题进行分析。同样，当我在终端中运行这段代码时，会分析每个 subjList 中的所有主题，但是当我将同一段代码保存在多个脚本文件（recon1.tcsh .. recon5.tcsh）中并使用调用它们时：
source recon1.tcsh
只分析每个 subjList 中的第一个主题。
更新1：
有趣的是，如果这个简单的循环：
foreach i (1 2 3 4 5)
echo $i
end
存储在文件 loop.tcsh 中，并使用以下方法调用：
source loop.tcsh
输出将只有 1，这意味着它只是通过第一轮循环。
同样的问题在 BASH 中不存在；如果这个循环：
for i in {1..5} ; do
echo $i
done
存储在文件 loop2.bash 中并使用：
source loop2.bash
它没有任何问题！
更新2：
BASH 中不存在该问题；如果这段代码：
for subj in * ; do
echo $subj >> subjList.txt
done
存储在文件 genSubjList.bash 中并使用：
source ../scripts/genSubjList.bash
在bash环境下，生成主题列表没有问题！
【问题讨论】：
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您确定在这两种情况下都在同一目录中运行
foreach循环吗？可以肯定的是，尝试在foreach的正上方添加一个pwd命令。 -
感谢您的回复；我在 foreach 上方（和循环内部）添加了 pwd，它表明循环在同一目录中运行。