从文件解析xml但不是字符串时出错？ Python答案

【问题标题】：Error parsing xml from file but not as string? Python从文件解析xml但不是字符串时出错？ Python
【发布时间】：2018-03-31 09:24:30
【问题描述】：

我正在尝试使用 xml2dict 解析大量 xml 文件，以便我可以将它们转换为数据帧，但是，当我尝试解析实际的 xml 文件时，我得到了错误：

"ExpatError: not well-formed (invalid token): line 1, column 5"

此错误对于所有 xml 文件都完全相同，包括“第 1 行，第 5 列”，它们的长度差异很大，但结构都相同。

当我尝试将 xml 文件的内容复制为 python 中的字符串时，使用 xml2dict 的解析工作完美。例如：

xmlstr ="""<?xml version="1.0" encoding="utf-8"?>
<document id="DDI-DrugBank.d200">
    <sentence id="DDI-DrugBank.d200.s0" text="Co-administration of probenecid with acyclovir has been shown to increase the mean half-life and the area under the concentration-time curve.">
        <entity id="DDI-DrugBank.d200.s0.e0" charOffset="21-30"
            type="drug" text="probenecid"/>
        <entity id="DDI-DrugBank.d200.s0.e1" charOffset="37-45"
            type="drug" text="acyclovir"/>
        <pair id="DDI-DrugBank.d200.s0.p0" e1="DDI-DrugBank.d200.s0.e0"
            e2="DDI-DrugBank.d200.s0.e1" ddi="true" type="mechanism"/>
    </sentence>
    <sentence id="DDI-DrugBank.d200.s1" text="Urinary excretion and renal clearance were correspondingly reduced."/>
    <sentence id="DDI-DrugBank.d200.s2" text="The clinical effects of this combination have not been studied."/>
</document>"""

import xmltodict as x2d

nestdict1 = x2d.parse('Train/DrugBank/Aciclovir_ddi.xml')

nestdict2 = x2d.parse(xmlstr)

在上面的示例中，nestdict1 抛出错误，而 nestdict2 很好，尽管 xmlstr 是文件 'Train/DrugBank/Aciclovir_ddi.xml' 的直接复制和粘贴

【问题讨论】：

标签： python xml parsing xmltodict

【解决方案1】：

您需要传递一个文件对象，而不是作为文件名的字符串。

来自docs：

In [4]:print(xmltodict.parse.__doc__)
Parse the given XML input and convert it into a dictionary.

    `xml_input` can either be a `string` or a file-like object.

所以，创建一个像这样的文件描述符：

fd = open("Train/DrugBank/Aciclovir_ddi.xml")

然后将其传递给 parse 方法：

x2d.parse(fd)

【讨论】：